Ağabeyi Hüsrev Han meselesinden dolayı babasına karşı geldi. Askerinin çokluğuna ve babası tarafındaki kumandanların, kalpten kendisine bağlı olmalarına rağmen zafer kazanamadı. O zamanın büyük alimi İmam-ı Rabbani’ye giderek, muvaffak olmasına dua etmesi için yalvardı. Büyük İmam (kuddise sirruh) babasına karşı gelmesine mani olup, nasihat etti:
“Babana git, elini öp, gönlünü al! Yakında vefat edecek, saltanat sana kalacaktır” diye müjde verdi.
Şah Cihan, emirlerini dinledi ve arzusundan vazgeçti. Az zaman sonra, 1637’de, babası vefat edince, Agra’da “Ebü’l-Muzaffer Şihabüddin” unvanı ile Babürlü tahtına çıktı.
1630 senesinde Nizamşahları itaat altına aldı ve Darur şehrini ele geçirdi. Ertesi sene Devletabad’ı da alarak Nizamşahları ortadan kaldırdı. Şii Kutubşahlar üzerine yürüyerek, hutbede dört halifeyi zikretmeleri ve vergi ödemeleri şartıyla anlaşma yaptı. Ahmednagar’ı ele geçirdi. Golkonda ve Brezpur gibi Güney Hind Sultanları, Babürlü hakimiyetini tanıdılar. Böylece, devletin otoritesini Hindistan’da tamamen sağladı.
Bayındırlık işlerine ehemmiyet vererek, tarımın gelişmesini temin etti. İngiliz, Portekiz ve Hollandalılara karşı ülkenin menfaatlerini korudu. Delhi şehrini imar etti ve genişletti. Kale, saray, cami, mescit ve türbeler yaptırdı. Hanımlarından birinin Agra şehrindeki mezarı üstüne yaptırdığı Tac Mahal denilen, sanat değeri çok fazla ve süslü türbe, Türk mimarlık tarihinin önemli eserleri arasındadır.
Şah Cihan, 1657’de hastalanınca, oğulları arasında taht kavgası başladı. Evrengzib Âlemgir Şah adındaki oğlu, kardeşlerine karşı üstünlük sağladı ve babasını tahtından indirerek, 1658 senesi Temmuz ayında, Agra’da sultanlığını ilan etti. Şah Cihan, Agra şehrinde sekiz yıl daha yaşadı. 75 yaşında vefat etti. Tac Mahal’de, eşinin yanında toprağa verildi (1666).
