Tarihsel olarak Lüteran Protestan bir ulus olan Estonya, dünyadaki "en az dindar" ülkelerden biridir ve nüfusun yalnızca %14'ü, dini günlük yaşamın önemli bir parçası olarak görmektedir.
Dindar nüfus çoğunlukla Hristiyan olup, en çok Ortodoks Hristiyanlar ve Lüteran Hristiyanlar'dır. Ringo Ringvee'ye göre "din siyasi veya ideolojik savaş alanında hiçbir zaman önemli bir rol oynamadı" ve "1930'ların sonlarında devlet ile Lüteran kilisesi arasındaki yakın ilişkiler için hüküm süren eğilimler 1940'ta Sovyet işgali ile sona erdi". Ayrıca, Sovyet politikası devlet ateizminden ötürü "dini gelenek zincirinin çoğu ailede koptuğu" belirtilmiştir. II. Dünya Savaşı'ndan önce, Estonya halkının yaklaşık %80'i Protestan'dı.
