İkinci Gıyaseddin Keyhüsrev’in ilk yılları, saltanat kavgalarıyla geçti. Bu sırada Moğol zulmünden kaçan göçebe Türkmenler, doğu tarafından Anadolu’ya girdiler ve çeşitli bölgelerde iskan edildiler. Bid’at bilmeyen halis Müslüman Türklerin safiyetinden ve çeşitli sıkıntıları olan kesif göçebe nüfustan faydalanmak isteyen kötü kimseler türedi. Peygamberlik iddiası ile ortaya çıkan Baba İshak, göçebelere yeni bir devir müjdeleyerek bazı cahil Türkmenleri etrafında topladı. Babailer adıyla tanınan bu Türkmenler, isyan ederek, birçok beldeyi tahrip ettiler. 1240 senesinde Kırşehir’in Malya Ovasında yapılan savaş sonunda Babailer mağlup edilerek, isyan bastırıldı.
Anadolu’da Babai isyanından hemen sonra Moğol istilası başladı. Sultan İkinci Gıyaseddin Keyhüsrev, Moğol istilasını durdurmak için harekete geçti. Sivas’ın doğusundaki Kösedağ mevkiinde Moğolları karşıladı. Moğollar, Selçuklu öncü kuvvetlerini, bir manevra ile perişan edince, ordu geri çekildi (Bkz. Kösedağ Savaşı). Geri çekilme ile 1243 senesi Temmuz ayında bozgun başladı. Moğollar Kayseri’ye kadar geldiler. Müstahkem Kayseri şehri, şiddetli hücumlar neticesinde teslim oldu. Moğollar, Kayseri’de büyük katliam ve yağma yaptılar. Moğol komutanı Baycu Noyan, senelik vergi karşılığında antlaşmaya razı edildi. Gıyaseddin Keyhüsrev ise, Menderes taraflarına gitmişti. Antlaşmadan sonra Konya’ya geldi. 1246 yılında Kilikya üzerine sefere giderken Alanya’da vefat etti.
