1357 yılında Emineddin Mercan Ulukay tarafından yaptırılmıştır. Emineddin Mercan Ulukay bin Abdullah, Celayirli hükümdarı Üveys Han`ın Bağdad valisi olup, imar faaliyetleriyle tanınmış bir şahsiyettir. Bağdad`da, türbe ve mescidi bulunan bir medrese, han ve darüşşifa yaptırmıştır. 1372`de ölünce, medresedeki türbesine gömülmüştür. 1779-1802 yılları arasında Vali Büyük Süleyman Paşa; 1926 yılında Irak Vakıflar Bakanlığınca tamir edilmiştir. Rafideyn Bank yapılırken taçkapısı dışında medrese tamamıyla yıkılarak iç süslemelerinin bir bölümü müzeye, bir kısmı da yeni yapılan camiye kaldırılmıştır.
Değişik bir planda ele alınan medresenin, batıda çifte minareli bir taçkapısı, avlunun güneyinde mescidi, doğusunda türbe, kuzeyinde ise eyvanı bulunuyordu. Bugün yalnız tek minaresi ile taçkapı, giriş bölümü ve 2 medrese hücresi ayakta kalmış olup diğer kısımlarını kaynaklardan ve arşiv resimlerinden öğrenebiliyoruz.
Herzfeld`in çizdiği plana göre 20x20 m. ebadında kare bir avlu etrafında dizilen medresenin bugünkü dış zeminden 2,5 m. aşağıda olduğu görülmektedir.
