Mimar Sedefkar Mehmed Ağa 1562`de Rumeli`den İstanbul`a devşirme olarak geldi. Sultan Süleyman Han Hazretlerinin türbesinde bir yıl bahçe bekçisi oldu, ardından Hasbahçe`ye girdi. Bir gün burada acemi oğlanlarının musiki meclisini görüp, bu sanata hayran oldu. Sazendenin yanına varıp "Bana bu sanatı öğret" dedi. Sazende eline bir tezene tutuşturdu. Mehmed Ağa, sazendeye bütün parasını verip "Ne türlü saz varsa bana hepsinden bir tane al" dedi. Tezeneyi çalmaya başladı.
Gece gündüz çalıştı ve öyle ustalaştı ki, tezeneyi çalarken elini salladığı zaman elinin hayali bile görünmez oldu.
Ancak, bir gün çalışırken uyuyakaldı ve düşünde saz ve söz alemine dair kabus gördü. Sazendeye bunu anlatınca, sazende onu hemen makam öğrenmeye heveslendirdi. Fakat Mehmed Ağa dindar biriydi ve musikiden hazzetmedi, üstelik düşünü yorumlatmak için o zamanın ulu şeyhlerinden Vişne Mehmet Efendi`ye gitti.
Vişne Mehmet Efendi, "Oğul, o sanattan vazgeç. Dünya ve ahiretine yararlı bir meslek seç" dedi. Mehmed Ağa ermişin sözünü tutarak musikiyi bıraktı, sedefkarlar loncasına girdi. Burada bir mimar ona hendese ve mimarlık ilmini anlatınca Mehmed Ağa "Tamam, bu benim sanatım işte" dedi. Sedefkarlar ondaki bu hevesi görüp şunu bir sınayalım dediler: "Verin şunun eline bir keser. Keserle bir kirişe vurup bir yerinde nişan edinin, bakalım keseri o noktaya isabet edecek mi?" Mehmed Ağa bismillah deyip keseri aldı, bin kere o kirişe vurdu, vurdu. Keser bir kere bile nokta dışına taşmadı. Üstatlar şaşkınlıktan bakakaldılar.
Mehmed Ağa ermişe giderek durumu anlattı. Ermiş murakabeden sonra mimarlık sanatına başlamasını söyledi. Mehmed Ağa evine gidip bütün eğlence aletlerini dışarı çıkardı, "Hazreti İbrahim`in putları kırdığı gibi ben de bunları kırarım" diyerek, hepsini baltayla parçaladı.
Dinine sımsıkı bağlı, büyüklenme ve kibirden eser olmayan, kendisini övmeyen bu adam, 1570`den 1589`a kadar Koca Mimar Sinan diye bilinen Sinan Ağa`nın öğrencisi oldu. Yaptığı işleri Mimar sinan`a gösterince ulu mimar ona "Aferin kalfa, eşsiz bir iş çıkarmışsın, şimdi senin bu işini yapan adam yoktur. Padişaha bir hediye yap da bir gedik sahibi ol" dedi.
Mehmed Ağa bir tilavet iskemlesi işleyip, Sultan Murat Hazretlerine gönderdi. Padişah rahleye bakıp hayran kaldı ve kimin yaptığını sordu. "İmdi o sedefkar kapumda yaraşır" diyerek Mehmed Ağa`yı kapucu yaptı. Mimar Mehmed bunun altında kalmayıp bir hediye daha yaptı. Kıymetli taşlarla süslenmiş, altın işlemeli bir kemandan. Sultan onu muhzırbaşı yaptı.
Koca Mimar Sinan ölünce Mimar Davut Ağa`dan, sonra Dalgıç Ahmed Ağa`dan ilim öğrendi. Mehmed Ağa`nın ince tabiatına bakan onu ömründe eline keser almamıştır sanırdı. 1590`da kulle sofisi oldu, Mısır`a gitti, oradan bütün Arabistan`ı dolaştı. İstanbul`a döndükte sultanın emriyle Rumeli teftişine çıktı. Selanik, Arnavutluk, Malta, İspanya, Bosna, Frengistan, Budin, Erdel, Eflak, Boğdan, Kırım, Kefe, Silistre, Niğbolu, Semendire, Belgrat`ı görüp döndü. Diyarbekir`e müsellim olarak gitti, altı ay idare etti. Şam`da Havran nahiye hakimi oldu. Burada sayıca az adamlarıyla köpek sürüsü gibi çok eşkiyayı yok etti. Eşkiya, Kabe`ye giden hacı kafilelerini soymaktaydı. Hüsrev Paşa`nın hazır yiyici adamları onu kıskanıp paşayı dolduruşa getirerek "Asilerin hepsini kılıçtan geçirmiş..." diye Mehmed Ağa`yı küçük düşürmeye çalıştılar. Mehmed Ağa baktı ki paşaya hiçbir faydası olmayan bu yalaka taifesiyle aynı yerde çalışamayacak, hemen paşaya gidip işi bıraktı İstanbul`a döndü.
1598`de Su Nazırı, sekiz yıldan sonra 1606`da mimarbaşı oldu. Sultan Ahmed Han, babası Sultan Murad Han`ın Kabe-i Mükerreme`nin altın olukunu değiştirmek ve mübarek belini bağlamak amacını gerçekleştirmek üzere Mimar Mehmed Ağa`yı görevlendirdi. Mimar Mehmed Ağa Koca Mimar`dan kalan planları açtı, Kabe`nin tıpkısını yaptı, Davutpaşa`da yüzbin kişi bunu gördü ve altın oluk, yüksek minber, üç altın anahtar yaptı, Haremeyni Şerifeyne gönderdi. Planlara göre yaptığı oluk ve kemer tıpatıp uydu. 1612`de Kabe onarıldı, damı açılıp yenilendi, yeni altın oluk takıldı, direkler yerine kondu, beline kemer kuşatıldı, iç örtüleri serildi.
1609-1610 yılında At Meydanı`nda Sultanahmet Camii`nin temeli atıldı. Temel kazma işi 36 gün sürdü. Caminin tamamlanması 7 yılı buldu. Caminin kubbesi bitirildi ve 1026=1617 yılında kilitlendi. Camiyi görenlerden bir musiki üstadı "İşte musiki bu" dedi.
Mimar Mehmed Ağa`nin evi Vefa`da idi. Bugün orada Sinekli Mescid denilen Mimar Ağa Mescidi`nin mimarı odur. 1604`te yaptığı Mimar Ağa Çeşmesi`nin bugün sadece kitabesi kalmıştır. Birçok eseri vardır, ama zamanla yıkılıp yok olduğundan anılmamıştır.
