25-26 Eylül 1538 gecesi Preveze’ye çıkarma teşebbüsünde bulunan Haçlı donanması üzerine kahramanca saldıran Murad Reis, onların bu teşebbüsüne mani oldu. Tarihin sayfalarındaki altın zaferlerden biri olan 28 Eylül 1538 Preveze Deniz Savaşında kahramanca dövüştü.
1552 yılında Hint Kaptanlığına getirildi. Avrupa-Hindistan deniz yolunu ellerine geçirmek için uğraşan Portekizlilerle amansızca mücadele etti. Hürmüz Savaşında kendisinden sayıca fazla, kuvvetli Portekiz donanmasına saldırdı. Gece karanlığına kadar cesaretle savaşan Murad Reis, kalan gemileriyle Basra’ya çekildi. 1553 yılında Hint Kaptanlığından alındıktan sonra, Kıbrıs’ın fethi sırasında keşif ve emniyet filosu komutanlığına getirildi. 1570 Martında yirmi beş kadar gemiden ibaret filosu ile İstanbul’dan hareket ederek Girit-Rodos-Kıbrıs arasında karakol görevine başladı. Savaş ve nakliye gemileri Rodos yakınlarına varıncaya kadar bu görevine devam eden Murad Reis, ana donanmaya katıldı. Kıbrıs’a yapılacak çıkartmada Murad Reis’e, Güney Ege’de karakol görevi verildi. Kıbrıs fethedilip, donanma İstanbul’a dönünceye ve alınamayan tek kale Magosa ele geçinceye kadar, Girit Adasındaki Venedik donanmasının yapması muhtemel bir harekatına karşı görevine devam etti. Daha sonra da Osmanlı donanmasındaki hizmetlerine devam eden Murad Reis, Anadolu-Mısır ticaret yolunu kesmeye uğraşan korsan gemilerle mücadele etti. 1609’da Ege Denizine açıldığı sırada Türk ticaret gemilerinin yollarını kesmek için, on gemiden müteşekkil bir Malta filosunun Kıbrıs açıklarında görüldüğünü haber aldı. Süratle gemilerin bulunduğu tahmin edilen yere doğru yol alan Murad Reis onları yakaladı. Fresine adlı bir şövalyenin komuta ettiği filoya önce uzaktan, sonra da yakından isabetli top atışları ile hücum etti. Maltalıların meşhur gemileri “Kızıl Cehennemi” armasından başlamak üzere adeta budadı. Sonunda, yol alamayan gemi teslim alındı. Maltalıların on gemisinden altısı Türkler tarafından zaptedildi ve esirler kurtarıldı. Bu savaşta yüz yaşında olmasına rağmen düşman gemilerine rampa edildiği zaman korsanlarla gemi güvertesinde çarpışan Murad Reis ağır yaralandı. Bütün ömrünü devletine hizmet için denizlerde geçiren usta denizci, tecrübeli kaptan Murad Reis’i, Kaptan-ı Derya Halil Paşa tedavi için Kıbrıs Adasına çıkarttı. Fakat yarası çok ağır olan Murad Reis, kurtarılamayarak 1609’da şehit oldu. Vasiyeti üzerine Rodos Adasına defnedildi.
