Nikolaus Harnoncourt (Johann Nikolaus Graf de la Fontaine und d’Harnoncourt-Unverzagt; 6 Aralık 1929 – 5 Mart 2016);, Avusturyalı ünlü orkestra şefi.
1952-1969 yılları arasında Viyana Senfoni Orkestrası'nın viyolonsel kadrosunda görev alan müzisyen, viyolonselin atası kabul edilen viola'yıda gamba'yıda çalıyordu. Şef olmak için orkestradan ayrıldıktan sonra ilk kez 1970'te La Scala'da podyuma çıktı. .
Şeflik kariyerinin başından itibaren Barok dönem repertuvarına özellikle Harnoncourt, dönemin ritim, ton ve çalış biçimlerini canlandırmak için araştırma ve uygulamalara başladı, tarihi açıdan bilgilenmiş orkestra ya da 'dönem orkestrası 'nın öncüsü olmuştur. Viyana Flarmoni Orkestrası’nın yılbaşı konserlerini yönetmesiylede bilinir.
Barok müziğin Papası olarak bilinmekteydi. Barok müziğin 20. yüzyılda yeniden popülerleşmesinin öncülerinden, dönem orkestrası kavramını klasik müziğe kazandıran Nikalaus Harnoncourt sağlık sorunları nedeniyle Aralık 2015'te sahnelere veda etmiştir.
Nikolaus Harnoncourt 5 Mart 2016'da 86 yaşında öldü.
