Zemin katta ondokuz, birinci katta ise onsekiz oda bulunmaktadır. Avlu 26x10 m. ölçülerinde dört yönden revaklarla çevrili olup, girişin batısındaki kare mekanın vaktiyle mescid olarak kullanildığı anlaşılmaktadır. Zemin katın revaklari kalın sütunlar üzerine oturmaktadır. Sütunların çoğu silindirik, dördü sekizgen gövdeye sahiptir. Odalar beşik tonozla örtülüdür.
Medrese’nin bezemesinde kullanilan geometrik motifler, Selçuklu tas süslemesindeki örneklerdir. Bezemenin agprlpk unsuru bitkisel öğelerdir. Palmet ve rumi motiflerin en çok kullanilanıdır ve her ikisi de birbiri ile uyum içindedir.
Çifte Minareli Medrese’nin en önemli yanlarından biri hiç şüphesiz figürlü süslemesidir. Taç kapı taşıntısının her yüzünde süslemelerle kusatılmiş, dört adet pano bulunmaktadir. Panoda palmiye (hayat ağacı), iki başlı kartal ve altta iki ejder figürü yer alır. Güney eyvanın dış duvarlarına bitişik inşa edilen iki katlı kümbetin gövdesi oniki köşelidir. Kümbetin üstü dıştan külah, içten kubbe ile örtülüdür. Saçağı, süsleme şeritler ve silmelerle bezenmiştir. Dört kollu bir düzenlemeye sahip, cenazelik kısmı çapraz tonozla örtülüdür. Kümbetin iç malzemesi mermerdir. Süslemeleri Medrese’nin aksine oymadır ve bitkisel öğelerden oluşmaktadır.
