1999 Malezya Grand Prix (resmî adıyla I Petronas Malezya Grand Prix), 17 Ekim 1999'da Malezya'daki Sepang Uluslararası Pisti'nde düzenlenen Formula 1 yarışıdır. 1999 Formula 1 sezonu'nun 15. mücadelesiydi.
56 turluk yarışı, ikinci pozisyonda başlayan Ferrari pilotu Eddie Irvine kazandı. Takım arkadaşı Michael Schumacher, Silverstone'daki Britanya Grand Prix'inde bacağını kırdıktan sonra ilk yarışına çıkarken, pol pozisyonundan başladığı yarışı ikinci sırada tamamladı. McLaren-Mercedes pilotu Mika Häkkinen ise üçüncü oldu. Galibiyet Irvine'e Sürücüler Şampiyonası'nda bitime bir yarış kala Häkkinen karşısında dört puanlık bir üstünlük sağladı, ancak bu onun 4. ve son F1 zaferi oldu.
