1975'te PKK'ya katılan Aygan 10 yıl sonra örgütten ayrılarak itirafçı olmuştur. Bir süre Diyarbakır Cezaevi'nin itirafçılar koğuşunda kalmış, cezasında indirime gidildiği için 1989 yılında serbest kalmıştır. Tahliyesinin hemen ardından askere alınmış, o dönem yüzbaşı olan Cem Ersever'in girişimleri ile yeni kurulan JİTEM'in ilk 7 kişilik kadrosunda yer almıştır. 1990-2000 yılları arasında Aziz Turan kimliği ile JİTEM'de 10 yıl görev yapmıştır. Daha sonra Burdur İl Jandarma Alay Komutanlığı'na sivil memur olarak atanmış ve kısa bir süre bu görevini sürdürmüştür.
Evli ve 5 çocuk sahibi Aygan'ın Abdullah Öcalan'ın akrabası olduğu da bilinmektedir. Abdülkadir Aygan ile ilgili şunları söylemektedir: "Şu anda yaşadığını da keseinlikle reddediyorum.Çünkü ben onu İsviçre'de öldürttüm.Hatta kellesi ve gövdesi ayrı yerlerdedir.Sürekli olarak basın organlarında boy gösteren adam Abdülkadir Aygan değildir.Abdülkadir Aygan ismini kullanarak PKK'nin propagandasını yapan başka bir kimsedir.
