1959 yılında başladığı Askeri Hava Lisesi öğrenimini takiben, 1962 yılında Hava Harp Okulu`na girmiş ve 1964 yılında asteğmen olarak mezun olmuştur.
Aynı yıl, İzmir Uçuş Eğitim Grup Komutanlığı`nda başladığı Uçuş Eğitimini, 1966 yılında 2`nci Ana Jet Üs Komutanlığı`nda tamamlamış ve ilk görev yeri olan 5`inci Ana Jet Üs Komutanlığı`na av pilotu olarak atanmıştır. Kasım 1970`de atandığı 9`uncu Ana Jet Üs 191`inci Filo Komutanlığında 1974 yılına kadar görev yapmış ve bu tarihte Hava Harp Akademisi`ni kazanmıştır. Orgeneral Aydoğan Babaoğlu, Hava Harp Akademisi`nden 1976 yılında kurmay subay olarak mezun olmuştur.
Aydoğan Babaoğlu, 1976 - 1981 yılları arasında görev yaptığı 4`üncü Ana Jet Üs Komutanlığı`nda sırasıyla; Kol Uçuculuğu, Eğitim Subaylığı, Üs Harekat Kısım Amirliği, Filo Harekat Subaylığı ve Filo Komutanlığı görevlerinde bulunmuştur. Kıt`a görevini takiben 1981 - 1985 yılları arasında Hava Harp Akademisi Öğretim Üyeliği yapan ve aynı dönem içerisinde ABD Hava Harp Kolejini başarı ile bitiren Babaoğlu, 1985 - 1988 yılları arasında Napoli`de konuşlu NATO AIRSOUTH karargahında yurtdışı görevinde bulunmuştur. Yurtdışı görevini takiben, atandığı Genelkurmay Harekat Başkanlığı bünyesinde Şube Müdürlüğü görevinde bulunduktan sonra atandığı 4`üncü Ana Jet Üs Komutanlığı`nda Harekat Komutanlığı ve Kontrol Heyet Başkanlığı yapmıştır.
1991 yılında tuğgeneralliğe terfi eden Babaoğlu, bu rütbede 6`ncı Ana Jet Üs Komutanlığı ve Hava Kuvvetleri Plan Program Daire Başkanlığı görevlerinde bulunmuştur. 30 Ağustos 1995 tarihinde terfi ettiği Tümgenerallik rütbesinde Hava Kuvvetleri Personel Başkanlığı ve Hava Harp Okulu Komutanlığı görevlerini yürütmüştür. 1999`da Korgeneralliğe terfi eden Orgeneral BABAOÄLU sırasıyla, Hava Kuvvetleri Kurmay Başkanlığı, 2`nci Taktik Hava Kuvveti Komutanlığı ve Genelkurmay Genel Plan ve Prensipler Başkanlığı görevlerinde bulunmuştur.
Babaoğlu, 30 Ağustos 2005 tarihinde orgeneralliğe terfi etmiş, 2005-2007 yılları arasında Harp Akademileri Komutanı olarak görev yapmıştır. Babaoğlu, 2007 yılı general / amiral atamaları ile Hava Kuvvetleri Komutanlığı görevine atanmıştır.
Kaynakça
başlangıç kutusu sıra kutusu| önce = Faruk Cömert | başlık= Türk Hava Kuvvetleri Komutanı| yıllar= 25 Ağustos 2007 - | sonra= bitiş kutusu
