Ekonomik ve siyasi istikrarsızlık, darbeler, ayaklanmalar ve etnik sürtüşmeler 1960`ların ortalarında Nijerya`da toplumsal yaşamın belirleyici özellikleriydi.Hausaların çoğunlukta bulunduğu kuzeyde, daha varlıklı ve eğitim görmüş İbo azınlığına karşı duyulan hoşnutsuzluk giderek şiddete dönüştü. Eylül 1966`da Kuzey Bölgesi`nde 10-30 bin İbo katledildi, yaklaşık 1 milyon İbo da soydaşlarının bulunduğu Doğu Bölgesi`ne iltica etti. Ardından İbo olmayanlar da Doğu Bölgesi`nden sürüldü.
Bütün bölgelerin temsilcilerinin bir anlaşmaya varması yönündeki çabalar başarısız kaldı. Doğu Bölgesi`nin başkanı Yarbay Odumegwu Ojukwu danışma meclisinin verdiği yetkiyle 30 Mayıs 1967`de bölgenin Biafra adıyla egemen ve bağımsız bir devlet olduğunu ilan etti. Federal hükümetin başkanı General Yakubu Gowon Biafra`yı tanımayı reddetti Temmuzda patlak veren çarpışmalarda Biafra kuvvetleri önceleri üstün geldi; ama hemen ardından sayısal üstünlüğü elde tutan federal kuvvetler Biafra sınırlarını güneyden, batıdan ve kuzeyden zorlamaya başladı. Biafra, savaş sırasında başlangıçtaki topraklarının yüzde 90`ını yitirdi. 1968`de deniz limanlarını kaptırmış, tümüyle bir kara ülkesi durumuna gelmişti. Ancak havayoluyla ikmal yapılabiliyordu. Ardından açlık ve hastalık baş gösterdi. Ölü sayısına ilişkin tahminler 500 binle birkaç milyon arasında değişiyordu.
Afrika Birliği Örgütü (OAU), papalık ve başka ülkeler, savaşan taraflar arasında uzlaşma sağlamaya çalıştı. Çoğu ülke, Gowon rejimini tüm Nijerya`nın hükümeti olarak tanımayı sürdürdü. İngiltere ve Sovyetler Birliği de Nijerya`yı silahla destekledi. Bu arada açlıktan ölen Biafralı çocukların uluslararası düzeyde doğurduğu dayanışma sonucunda başta Portekiz olmak üzere birçok ülke Sí£o Tomí© ve Príncipe üzerinden Biafra`ya havayoluyla gıda maddesi ve ilaç gönderdi. Fildişi Kıyısı, Gabon, Tanzanya, Haiti ve Zambiya Biafra`yı bağımsız bir üke olarak tanıdı, Fransa, Rodezya ve Güney Afrika Cumhuriyeti de Biafra`ya gizli yollardan askeri yardım gönderdi.
Biafra kuvvetleri Aralık 1969 sonu ile Ocak 1970 başındaki bir dizi çarpışma sonucunda yenik düştü. Ojukwu, Fildişi Kıyısı`na kaçtı, sağ kalan Biafra subayları 15 Ocak 1970`te federal hükümete teslim oldu. Tümüyle bozguna uğrayan Biafra, bağımsız varlığını yitirdi.
