EPDK bağımsız nitelikte bir üst kuruldur. Bir kamu kurumu olmasına karşın Hükümetin vesayeti altında değildir. Böyle bir yapı kurulmak suretiyle enerji piyasalarının tarafsız bir otorite tarafından ekonomik kurallar dikkate alınarak yönetilmesi hedeflenmektedir.
Şebeke endüstrileri olarak da adlandırılan enerji endüstrilerinde işleyen bir piyasa ekonomisinin tesis edilmesi kendine has güçlükler göstermektedir. Bu yüzden EPDK tamamiyle uzmanlık gerektiren bir görevi yerine getirir. Elektrik ve doğal gaz piyasalarında özel sektörün katılımı arttıkça Kurumun düzenleyici rolü önem kazanacaktır.
