Eozin boyasının mikroskopik incelemelerde en yaygın kullanım alanı, nötral boyaların yapısında yer almasıdır. En tanınmış nötral boyalar tiyazin ve ksanten grubunda yer alan boyar maddelerin karışımlarından oluşmaktadır. Ksanten-tiyazin grubu boyaların en çok bilinenleri ve Türkiye`de kullanılanları, Giemsa, May Grünwald, Wright, MacNeal, Jenner ve Leishman boyalarıdır. Bu boyalar, asidik-bazik, mavi-kırmızı komponentleri bünyelerinde muhafaza ederler. Dolayısıyla boyama metodundaki etap sayısı düşer.
Mikroskopide birden fazla etabı olan boyama prosedürlerinde de kullanılır. En çok kullanıldığı çok etaplı boyama metodları, tiyazin-ksanten hızlı boyamaları, Papanicolaou boyamaları ve hematoksilin-eozin boyamalarıdır.
Çok etaplı tiyazin-ksanten boyamalarında eozin boyası, tiyazin boyalarıyla birlikte bulunmaz. Ayrı bir çözelti şeklindedir. Türkiye`de son yıllardaki kullanımı çok yaygınlaşmaktadır. En tanınmışları Field ve Diffquick modifikasyonlarıdır.
Türkiye`de eozin boyasının en çok kullanıldığı çok etaplı boyama metodlarından biri Papanicolaou boyama metodudur. Bu metodun etaplarından birinde kullanılan EA boya çözeltilerinde (EA-36, EA-50, EA-65 vb.) diğer boyar maddelerle birlikte bulunur.
Hematoksilin eozin boyama metodu, hayvan (insan dahil) doku kesitlerinin incelenmesinde Türkiye`deki histopatoloji uzmanları tarafından çok kullanılmaktadır. Hücre sitoplazması, kollajen ve kas liflerini boyamak için genellikle hücre çekirdeğini boyayan hematoksilin ile birlikte kullanılır. Hematoksilinin de kullanıldığı ikili boyamaya hematoksilin ve eosin boyaması adı verilir. Bu boyamanın amacı, normalde şeffaf olan hücreleri mikroskop altında görüntüleyip dokuların yapısını inceleyebilmektir.
Aslında eosin adı, birbirine benzer iki farklı maddeye verilmiştir. Bu maddelerden daha yaygın şekilde kullanılan eosin Y (aynı zamanda eosin Y ws, sarımtrak eosin, Asit Kırmızı 87, C.I. 45380, bromoeosine, bromofluoreseik asit, D&C Red No. 22 isimleriyle de anılıyor), boyadığı yapılara biraz daha sarı bir renk verir. Diğer eosin, yani eosin B (mavimtrak eosin, Asit Kırmızı 91, C.I. 45400, Safrozin, Eosin Scarlet, or imparatorluk kırmızısı) ise çok hafif bir maviliğe sahiptir. Her iki boya da birbirinin yerine kullanılabilir ve belli bir deney için bunlardan birinin seçimi tamamen kişinin tercihine kalmıştır.
H ve E boyaması ile boyanmış doku stoplazma pembe-turuncu, hücre çekirdeği ise koyu mavi-mor görünür. Eosin aynı zamanda eritrosit koyu kırmızıya boyar. Eosin, hücrenin bazik bölümlerin, boyayan asidik bir boyadır. Bunun tersine hematoksilin, hücrenin asidik bölümlerini boyayan bazik bir boyadır. Örneğin nükleik asitlerin (DNA ve RNA) yoğun şekilde bulundukları hücre çekirdeği gibi.
Eosin ile boyanan yapılara eosinofilik denir.
Eosin Y floresinin tetrabromo türevidir.
Eosin B ise floresinin dibromo dinitro türevidir.
Ayrıca bakınız: hematoksilin, histoloji
