1956 yılında, Baf`ın Altıncık Köyü`nde doğan Ekenoğlu, 1983 yılında İstanbul Üniversitesi Cerrahpaşa Tıp Fakültesi`nden mezun oldu. İhtisasını 1988 senesinde aynı fakültenin İç Hastalıkları bölümünde yapan Ekenoğlu, 1994`e kadar kendi muayenehanesinde, o tarihten sonrasında ise Cengiz Topel Hastanesi`nde çalıştı.
1998 yılında politikaya atılmaya karar veren Fatma Ekenoğlu, 6 Aralık 1998 genel seçimlerine Cumhuriyetçi Türk Partisi`nden girdi ve milletvekili seçilmeyi başardı. Başarısını 14 Aralık 2003 genel seçimlerinde de tekrarlayan Ekenoğlu, 14 Ocak 2004 tarihinden beri Cumhuriyet Meclisi Başkanı olarak görev yapmaktadır.
Cumhurbaşkanının ülkede bulunmadığı durumlarda onu temsil yetkisine sahip olan Ekenoğlu, evli ve iki çocuk annesidir.
