Stad:Fenerbahçe Stadı , Hakem:Serdar ÇakırSeyirci: ? }} Sezona iddialı transferlerle giren Fenerbahçe, ilk yarılarında daha diri göründüğü maçların ikinci yarılarında adeta dağıldı. Uyum sorunu ve kondisyon eksikliğinin göze çarptığı takım TSYD Kupası'nda 3. olurken, 2 Ağustos 1998'de Beşiktaş ile 0-0 berabere kalan Galatasaray +1 averaj fazlasıyla Kupada 11. kez şampiyon oldu. 1998-1999 Sezonu Turkcell Süper Liginde Fenerbahçe
1998-1999 Sezonu Türkiye Kupasında Fenerbahçe
1998-1999 Sezonu Avrupa Kupalarında Fenerbahçe
1998-1999 Sezonu Fenerbahçe'nin Kadrosu
Türkiye 1. Futbol Ligi Puan Durumu
Amatör branşlar Basketbol takımı normal sezonu 28 maçta 18 galibiyetle dördüncü sırada bitirdi. Play-off çeyrek finalinde Darüşşafaka'yı geçti, ancak yarı finalde Tofaş SAS'a 3-1 ile geçildi ve elendi. TeknoSA Erkekler Türkiye Kupası'nda finalde yine Tofaş SAS'A 77-75 yenilerek ikinci oldu. İlk kez katıldığı Euroleague'de büyük başarı göstererek son 16'ya kaldı, ancak Real Madrid'e elendi. Clarissa Davis'in transferiyle güçlenen bayan takımı normal sezonu ikinci bitirse de, play-off finalinde 1990'dan beri şampiyonluğu elinde tutan Galatasaray'ı 3-2 ile geçerek tarihindeki ilk Deplasmanlı Lig şampiyonluğuna ulaştı. Aynı sezon sarı-kırmızılı ekibi Türkiye Kupası ve Cumhurbaşkanlığı Kupası'nda da yenilgilere uğratarak sezonu üç kupa ile tamamladı. Masatenisi takımı 1. Lig şampiyonu olup Süper Lig'e yükselirken, bayan takımı da tarihindeki ilk Süper Lig şampiyonluğunu namağlup kazandı, ayrıca İstanbul, Türkiye Kupası ve Federasyon Kupası şampiyonu oldu. Yeni kurulan briç takımı Türkiye üçüncülüğünü kazandı. Yelken takımı Laser Dragon, 420, 420 Bayanlar ve 4.7 Bayanlar branşlarında Türkiye şampiyonu, 420 Bayanlar, Dragon ve Laser Standart branşlarında Türkiye ikincisi, 420 ve Optimist Bayanlar branşlarında Türkiye üçüncüsü oldu. Piri Reis Kupası yine Fenerbahçe'nin oldu. Yüzme takımı bir önceki yıldaki başarısını tekrarlayarak hem Yaz hem de Kış Türkiye Şampiyonası'nda şampiyon oldu.
Voleybol
Erkek takımı sezona Olimpizm Kupası'nda ikinci olarak başladı.
Ligi'nde 28 maçta 12 galibiyetle 40 puan toplayan takım, 48/57'lik set averajı yakaladı ve normal sezonu bir önceki sezonda olduğu gibi sekizinci tamamladı ve play-off'a kaldı. Takım play-off ilk turunda Marmara Koleji’ni 3-0'lık seriyle eledi. Çeyrek finalde Netaş’a 3-0'lık seri ile elendi. Türkiye Kupası'nda ilk turda Emlakbank'a İstanbul'da 3-1 yenilerek elendi. Kadın takımı ise 2. Lig'de mücadele verdi. Takım, Türkiye Kupası'nda ise 1. turda SSK’yı geçtiyse, de 2. turda Eczacıbaşı'ya 3-0 yenilerek elendi.
Süper Ligi'nde Fenerbahçe 1995, 1996 ve 1997'den sonra bir kez daha çifte şampiyon oldu. 14-15 Ağustos 1999 tarihlerindeki 3. kademe müsabakalarında erkek takımı 56.747 puanla ENKA'nın önünde şampiyon olurken, kadın takımı da 55.602 puanla yine ENKA'nın önünde aynı başarıya ulaştı . Genç kız takımı da 4 yıl sonra tekrar Türkiye şampiyonluğuna ulaştı. Etyopya asıllı Sibel Özyurt ve Nuray Sürekli ile Ayfer Yiğit'ten kurulu kadın kros takımı da Türkiye şampiyonu olurken, genç kızlar kros takımı da aynı başarıya ulaştı. Bu sayede Fenerbahçe A takımlar düzeyinde kazandığı 3 Türkiye şampiyonluğuyla 1995'te kırmış olduğu rekoru egale etti.
Boks
Yeni transferler Nurullah Oğuz, Agasi Ağagüloğlu, Ramazan Palyani, Serdar Yağlı Selim Palyani ve Akın Kuloğlu ile zaten güçlü olan takım Türkiye'de rakipsiz hale geldi. 8-11 Ekim 1998'de İnegöl'de düzenlenen Türkiye Ferdi
1996'dan beri elinde tuttuğu İstanbul şampiyonluğunu bu sezon da koruyan sarı-lacivertli kürekçilerin muhtemel bir İstanbul Kupası şampiyonluğu sözkonusu organizasyonun hava muhalefeti nedeniyle iptal edilmesi nedeniyle mümkün olmadı. Sapanca Gölü'nde yapılan yarışlarda
Şampiyonası'nda beşinci kez üstüste Türkiye şampiyonu oldu . 25 Eylül 1999'da düzenlenen 5. Uluslararası GAP Su Sporları Şenliği'nde de birinciliği rakiplerine kaptırmadı. Yeni kurulan kano takımı ise Türkiye ikincisi oldu.
