Guantanamo Körfezinin bir askeri hapishane olarak kullanılması insan hakları örgütleri ve birçok farklı kesimin eleştirileri ve protestolarına neden olmuştur. Bu örgüt ve kesimler tutukluların işkence gördüğü veya kötü şart ve uygulamalara maruz kaldığını belirtip, buradaki tutuklularının yasal durumlarının belirsizliğine işaret etmektedirler. Zira kişiler ne savaş suçluları (tutukluları) ne de adi suçlular olarak tanımlanmışlar ve ABD yasal sistemine başvuramadıkları gibi ABD yasal sisteminden herhangi bir gözden geçirme de talep edememektedirler.
Bush yönetimi 3. Cenevre Anlaşması`nın tutuklanmış el-Kaide veya Taliban savaşçılarını kapsayamayacağını öne sürmektedir. Hiçbir dış devlet ise bu noktada Bush yönetimiyle aynı görüşte olduğunu belirtmemiştir. ABD politikasını eleştirenler yönetimin `savaş suçluları` ile `yasadışı savaşçıları` arasında bir ayrım yaratmaya çalışmak suretiyle Cenevre Anlaşması`nı ihlal ettiğini öne sürmektedirler. [2]
Guanatanamo tutukevinlerindeki yasadışı uygulamalara dair Avrupa Parlementosu da bir rapor hazırlamıştır. [3] Daha güncel olarak, Uluslararası Af Örgütü (Amnesty International) ve BM çıkardıkları raporlarda durumu bir "insan hakları skandalı" olarak tanımlamışlardır. [4]
20. yüzyılın son çeyreğinde, Guantanamo Askeri Üssü denizlerde yakalanan Küba ve Haitili mültecileri tutmakta kullanılmıştı. 1990`ların başında, askeri darbe sonucu Haiti`den kaçan Haitilileri barındırmıştır. Bu mülteciler ABD yasal sisteminden Yargıç Sterling Johnson Jr. kampın anayasaya aykırı olduğu kararını 8 Haziran 1993`te verene kadar Kamp Bulkeley isimli bir tutuklu bölgesinde tutulmuşlardır. Son Haitili göçmenler Guantanamo`yu 1 Kasım 1995`te terk etmiştir.
16 Haziran 2005`te Birleşik Devletler Savunma Bakanlığı, savunma müteahhiti Halliburton`un üs etrafında 30 milyon $`lık bir güvenlik çemberi ve tutukevi inşa edeceğini ilan etmiştir.
10 Haziran 2006 üç tutuklu ölü bulunmuştur. Pentagon`a göre "kendilerini bariz bir intihar sözleşmesiyle öldürmüşlerdir"[5].
Бухта Гуантанама