Gökkafes, II. Abdülhamid döneminde tapu kaydına "inşaat yapılamaz" şerhi düşülen bir araziye yapıldı. Arazideki farklı kişilere ait arsalar Nurettin Süzer`e ait Süzer Holding tarafından satın alındı. Süzer, daha sonra Tapu Müdürlüğünden "inşaat yapılamaz" şerhini sildirdi. 1987`de inşaata başlayan Süzer, bir yıl sonra dönemin ANAP`lı belediyesinden inşaat ruhsatı aldı.
Gökkafes inşaatı, İstanbul Büyükşehir Belediye Başkanları Nurettin Sözen ve Recep Tayyip Erdoğan tarafından ve diğer kişi ve kurumlarca hukuki yollardan engellenmeye çalışıldı. Bu çabalara ve protestolara karşın, inşaat 2001 yılında tamamlanarak bina kullanıma açıldı. Binanın hukuksal durumu hala belirsiz olup, yıkılması için girişimler devam etmektedir. Nitekim 5 Ocak 2005`te, binanın giriş kısmındaki dört restoranın bahçe üzerinde yaptığı "kış bahçeleri", ruhsata aykırı olduğu gerekçesiyle buldozerle yıkılmıştır.
Gökkafes, pek çok kişi tarafından şehircilik ilkelerine aykırılığı ve hukuksal durumu nedeniyle protesto edilmekte, binadaki tesislere gidilmemektedir. Gökkafes`in İstanbul`daki en büyük gecekondu olduğunu iddia edenler de vardır.
