Kuzeyden güneye kıvrılıp giden Dicle nehri üzerinde yer alması ve o günlerde ticaretin önemli bir kısmının nehir yoluyla yapılması nedeniyle Hasankeyf, ticari ve ekonomik olarak da gelişti.
Hasankeyf`i Artuklular`dan alan (1232) Eyyubiler, henüz bölgeye tam hakim olamadan Moğol istilasi ve harabiyeti ile karşılaştı. Birçok yerleşim yeri gibi burası da altüst oldu.
Eyyubiler, Moğol şokunu atlattıktan sonra 14. yüzyıl başlarından itibaren Hasankeyf`i yeniden imar etmeye başladı. Özellikle bugün Hasankeyf`te bulunan birçok eserde imzası bulunan Eyyubiler`in, Sultan Süleyman zamanında bu imar faaliyeti zirveye ulaştı. Hasankeyf, bu yıllarda tarihinin en parlak dönemlerinden birini yaşadı.
Nihayet Osmanlılar`ın gücüne karşı direnemeyen, Safeviler`in baskıları ve iç hesaplaşmalarla iyice yıpranan Eyyubiler, 1515 yılında burayı Osmanlılar`a bıraktı. Bu tarihten itibaren şehir, tarihi önemini kaybederek günümüze geldi.
