Ortaçağ
Avrupası'ndaki gibi dini inançları sebebiyle zulme uğramadılar, fakat, yerli Müslümanlara tanınan ayrıcalıklar azınlıklara verilmedi. Müslüman fethi Tam olarak hangi dönemlerde olduğu bilinmemesine rağmen, Yahudiler, Arap Yarımadası'nda uzunca bir süre yaşadılar. Tarihçilere göre bölgedeki Yahudi nüfusu bir ara 80,000'e kadar yükseldi. Birinci Tapınağın yıkılmasıyla Yahudiler, hali hazırda Yahudi nüfusu bulunan Heyber vahasına ve ticari koloniler olan Medine ve Mekke'ye göç ettiler; burada Yahudi mezarlıkları bulunmaktadır. Bazı teorilere göre ise Yahudiler Bizans zulmünden kaçıp bu bölgeye yerleşmiştir. Geliş sebepleri ne olursa olsun, Arap tarihçilere göre 20 Yahudi kabilesi bulunmaktaydı ve bunların ikisi Kohen kabileleriydi. Hicretten kısa bir süre sonra yazılan Medine Sözleşmesinde İslami bakış açısına göre şehirde yaşayan Yahudi cemaatlerinin sivil ve dini durumlarına değinilmiştir. Örneğin sözleşmede Yahudiler "kendi dinlerini icra edecekler, Müslümanlar kendilerinkini" ve onlar "kendi masraflarından sorumlu, Müslümanlar kendilerinkinden" maddeleri bulunur. Yahudiler bu özgürlüklerden nadiren faydalandılar. Bedir Muharebesinden sonra Yahudi kabilesi olan Banu Kaynuka için Muhammed'in sözleşmesine karşı geldiği iddia edildi. Bunu bir savaş sebebi sayan İslam peygamberi kabileyi kuşattı. Kabile teslim olduktan sonra kovuldu. Ertesi yıl, başka bir Yahudi kabilesi olan Banu Nadir, peygamber Muhammed'i öldürmekle suçlanıp kovuldu. Banu Nadir'in düşüşünden kısa bir süre sonra Banu Kureyze'nin surları Müslümanlar tarafından kuşatılıp kabile yok edildi; bu olay Kuran'ın 33:25-27 ayetlerinde de aktarılmıştır. Hicri takvimin 20. yılında (M.S. 641) Muhammed'in ardılı halife Ömer, peygamberin sözleri olan "Arabistan'da iki din olmasın"ı baz alarak Arap Yarımadasının güney ve doğusunda yaşayan Hristiyan ve Yahudilerin buralardan çıkarılmasını emreden bir fetva çıkardı. Soru işareti yaratan iki grup ise kuzeydeki Heyber vahasındaki Yahudi nüfusu ve Necren'deki Hristiyanlardı. Başka kaynaklara göre ise Yahudi ve Hristiyanların Arap Yarımadasından kovulmaları 634 yılında başlayıp 650'ye kadar sürmüştür. Bu noktadan itibaren gayrimüslümlerin Hicaz'ın kutsal topraklarına girmeleri yasaklandı. Sadece "dini karantina bölgesi" olan Kızıldeniz'in Jedda limanında bazı Yahudi tüccarlar yaşıyordu. Ortaçağ Müslüman hakimiyeti altındaki İber Yarımadası Yahudiler matematik, astronomi, filozofi, kimya ve filolojide ilerleme kaydettiler. Bu dönem bazen "İspanya'daki Yahudi kültürünün altın çağı" olarak adlandırılır. Leon Poliakov'a göre, İslam'ın ilk yıllarında Yahudiler kendilerine sunulan ayrıcalıklardan faydalandı ve cemaatleri zenginleşti. Ticari aktivitelerini engelleyen yasal veya sosyal engeller bulunmuyordu. Birçok Yahudi, Müslümanlar tarafından fethedilen yeni yerlere yerleşip cemaatler kurdular. Bağdat veziri sermayisini Yahudi bankerlere emanet etmişti. Bazı deniz ve köle ticaretinin başına Yahudiler getirilmişti. 10.yy'daki halifeliğin ana liman şehirlerinden biri olan Siraf'ın valisi bir Yahudiydi. 11.yy'dan başlayarak Yahudiler aleyhine bazı pogromlar gerçekleşti. Bir Endülüs şehri olan Granada'da gerçekleşen 1066 Granada katliamı bu pogromlara bir örnektir.Ortaçağ
da, Kuzey Afrika'da ve Mısır, Suriye,Yemen gibi Arap ülkelerinde Yahudilere karşı saldırılar düzenlendi. 15.yy'dan başlayarak Yahudiler, Fas'ta mella denen gettolarda yaşamaya zorlandılar. Şehirlerde mellalar duvarlarla çevrelenmişken kırsal bölgelerde sadece Yahudilerin yaşadığı köyleri temsil ediyordu. Muvahhidler 1172'de İberya'nın kontrolünü ele geçirdiklerinde Murabıtlara kıyasla daha köktendinci olduklarından zimmilere karşı daha sert davrandılar. Yahudiler ve Hristiyanlar Fas ve Müslüman İspanya'dan kovuldular. Zimmilere ölüm veya din değiştirme seçenekleri verilince Rambam'ın da aralarında bulunduğu bazı Yahudiler daha hoşgörülü Müslüman toprakları olan güneye ve doğuya kaçtılar; bir kısmı da kuzeyde yeni gelişmekte olan Hristiyan krallıklara yerleştiler. 1400'de, Halep Yahudileri, Orta Asya İslam fatihi Timur tarafından sinagoglarında toplanıp katledildiler; genç kadınlara tecavüz edildi. 1465'de vezirin bir Yahudi yetkilisinin Müslüman bir kadına "saldırgan bir tavır" sergilediği gerekçesiyle Fes'te Arap güruh tarafında binlerce Yahudi katledildi ve sadece 11 kişi hayatta kalmayı başardı. Cinayetler bir dalga gibi Fas'ın geneline yayıldı. 1492'de Ture Muhammed eskiden hoşgörülü olan Timbuktu bölgesinde başa geçince fetva verip Yahudilerin İslam'a geçmesini ya da terketmesini emretti; Katolik İspanya ile Mali'de aynı sene içinde Yahudilik yasadışı ilan edildi. Erken modern dönem Osmanlı İmparatorluğu, özellikle İslam hakimiyeti sonrasında İspanya ve ona bağlı topraklardan kovulan Yahudiler için bir sığınak oluşturdu. Aynı durum Kuzey Afrika'nın Mağrip bölgesinde de gerçekleşti; büyük Arap şehirlerinde mellalar oluşturuldu. Ardından Marrano denen gizli Yahudiler de Katolik Kilisesi'nin engizisyonlarından kaçtı. 1656'da, Yahudilerin genel kanı olarak kirli olduklarına inanıldığından Yahudiler İsfahan'da zorla İslam'a geçirildi, din değiştirmeyenler kovuldu. Din değiştirmiş Yahudilerden bazıları Yahudiliklerini gizlice devam ettirdi. Yahudilerden yoksun İsfahan cizye toplayamayınca hazinesine zarar geldi ve 1661'de din değiştirmiş Yahudilerin kendi öz dinlerine dönmelerine izin verildi fakat yine de onların Yahudi olduğunu belirten özel kıyafetler giyme zorunluluğu bulunuyordu. Gettolarda tutulan Buhara Yahudilerin temel hakları ellerinden alınıp zorla İslam'a geçirildiler. Müslümanlardan ayırt edilebilmeleri için siyah ve sarı giysi giyme zorunlulukları vardı. Zeydi hakimiyeti altında Yemen Yahudileri kirli sayılıyordu bu sebeple Müslümanlara veya onların yemeğine dokunmaları yasaktı. Bir Müslümanın önünde boyun eğmek, sol tarafından yürümek, ve selam veren ilk kişi olmak gibi zorunlulukları vardı. Müslümanların evinden daha büyük bir ev inşa etmeleri, deveye veya ata binmeleri yasaktı. Katıra veya eşeğe sadece yan oturarak binebilirlerdi. Müslüman mahallesine girdiklerinde ayakkabılarını çıkarmaları gerekmekteydi. Müslüman gençler tarafından yumruklanır veya taş atılırsa karşı koymaya hakları yoktu, seçeneği ya oradan kaçmak ya da insaflı bir Müslümanın araya girip sataşmayı durdurmasıydı. Ondokuzuncu yüzyıl Bağdat'ta 1828 yılında Yahudilere karşı bir katliam gerçekleşti. 1839'da doğu Pers şehri olan Meşhed'de bir güruh Yahudi mahallesine dalıp sinagogu yaktılar ve Tora tomarlarına zarar verdiler. Zorla din değiştirtirilerek katliamın eşiğinden dönüldü. Bu olay tarihte Allahdad olayı olarak bilinir. Barfuruş'ta da 1867'de bir katliam gerçekleşti. Yahudi seyyah J. J. Benjamin'in kaleminden İran Yahudilerinin hayatı şöyle aktarılmıştır:"... pis yaratıklar olarak sayıldıkları için şehrin ayrı tarafında yaşamak zorundadırlar... Pis oldukları mazeretiyle şiddet dolu muamelelere maruz kalıyorlar, bir Müslüman sokağına girmeye dursunlar, oğlanlar tarafından taş ve sopa yağmuruna tutuluyorlar... Aynı sebeple yağmurda dışarı çıkmaları yasak; yağmur onların kirlerini silip Müslümanların ayaklarına dolar diye... Eğer bir Yahudi sokakta görülürse en büyük aşağılamalara maruz kalıyor. Yoldan geçen biri yüzüne tükürür, bazen de döver... insafsızca... Eğer bir Yahudi bir dükkana girerse mallara göz atması yasaktır... Yanlışlıkla bir ürüne dokunursa satıcının istediği miktarı ödeyip malı almak zorundadır... Bazen Persliler Yahudilerin evlerine girip canının istediklerini alıyorlar. Eğer mal sahibi malını korumaya çalışırsa bu durumu canı pahasıyla ödeme tehlikesiyle karşı karşıyadır... Eğer... bir Yahudi Katel (Muharrem)'in üç günü sokakta görülürse öldürülür."1840'da, Şam Yahudileri iftira atılıp Hristiyan bir rahip ile Müslüman yardımcısını öldürdükleri ve kanlarıyla Pesah ekmeği yaptıkları söylendi. Bir Yahudi berbere olayı "itiraf" edene kadar işkence yapıldı; iki Yahudi işkenceler sebebiyle öldü ve bir Yahudi İslam'a geçerek hayatını kurtardı. 1960'larda, Libya Yahudileri, Gilbert'in tanımıyla "ceza vergisi" uygulandı. 1864'te Fas'ın Marakeş ve Fes şehirlerinde 500 Yahudi öldürüldü. 1869'da Tunus şehrinde 18 Yahudi öldürüldü, Arap güruh Yahudi ev ve dükkanlarını yağmaladı, Cerbe Adası'ndaki sinagogu yaktı. 1875'te Fas'ın Demnat şehrinde 20 Yahudi öldürüldü ve ülkenin diğer yerlerinde gün ortasında sokakta Yahudiler öldürüldü. 1897'de Trablus'ta sinagoglar yağmalanıp Yahudiler öldürüldü. Pers ve İran (711-1900) Yahudilik, İran'da halen var olan en eski ikinci dindir (ilki Zerdüştçülüktür). Bugün İran Yahudilerinin çoğu (1993 verilerine göre) 75,000 kişilik nüfusuyla İsrail'de yaşamaktadır (bu sayıya ikinci nesil İsrailliler de dahildir). Bunu, çoğu Los Angeles'ta olan 45,000 kişilik nüfusuyla ABD takip etmektedir. İran'da ise, çeşitli varsayımlara göre, çoğu Tahran ve Hamedan'da olmak üzere 11,000 ila 30,000 Yahudi bulunmaktadır. Ayrıca, Batı Avrupa'da da küçük cemaatler vardır. Antik çağlarda İran Yahudilerinden ayrılıp kendi ayrı cemaatlerini kuran Buhara Yahudileri ve Dağ Yahudileri de mevcuttur. Kürdistan Yahudiler, 1951-1952'de gerçekleşen İsrail'e yapılan son toplu göçten önce yüzyıllar boyunca
