İsa Bey Camii , İzmir'in Selçuk ilçesinde, Artemis Tapınağı'yla Saint Jean Kilisesi arasındadır. 1375 yılında Aydınoğlu İsa Bey tarafından yaptırılmıştır. Mimar Şamlı Ali'nin eseridir.
İsa Bey Camii, Türk mimarlık tarihinin Anadolu Beylikleri dönemine ait en eski ve gösterişli eserlerindendir. 19. yüzyılda kervansaray olarak da kullanılmıştır.
Simetrik olmayan bir plana inşa edilen caminin yamaçta konumlandırılan iki giriş kapısı batı ve doğu tarafındadır. Batı kapısı yazılar ve geometrik şekillerle süslüdür. Batı yönündenki duvarlar mermerle kaplı, diğer cepheler ise kesme taştandır. Cephesi, pencere kenarları ve her iki kubbesinin de kasnağı Selçuklu çinileriyle süslüdür.
Caminin doğu ve batı kapısının üstünde yükselen iki minareden birisi tamamen, diğerinin ise şerefeden yukarısı 16. yüzyılın ortalarında meydana gelen depremlerde yıkılmıştır. Aynı depremlerde caminin çatıları da yıkılmıştır. 1975 yılında dönemin Selçuk Müftüsü Abdullah Arılık tarafından yaptırılan iyileştirme çalışmaları ile çatısı ve duvarları onarılmış ve tekrar ibadete açılmıştır.
