1933 Üniversite reformu ile birlikte kurulan İstanbul Üniversitesi Fen Fakültesi, yurt dışından davet edilen öğretim üyelerinin de katkıları ile Zeynep Hanım Konağı'nda eğitim öğretime başlamış, 1935 yılında Rasathane, 1936 yılında Botanik Enstitüsü binaları tamamlanmış, ancak 1 Mart 1942 yılında çıkan yangın ile Zeynep Hanım Konağı tamamen yanmıştır. Yeni binanın yapımına başlanmış ve 1952 yılında tamamlanmıştır.
1933 Reformu'ndan önce Darülfünûn içinde öğrenim veren Astronomi, Botanik, Fizik, Jeoloji, Kimya, Matematik ve Zooloji kürsüleri, Reformdan sonra çağdaş anlamda bu görevlerini sürdürmüş ve 1952 yılında da Jeofizik öğrenimi başlamıştır. 1967 yılında Kimya Fakültesi, 1974 yılında da Jeoloji ve Jeofizik bölümleri, Yer Bilimleri Fakültesi olarak ayrılmıştır. 1981 yılında çıkan 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ile Fakülteler yeniden düzenlenmiş ve Fen Fakültesi Astronomi ve Uzay Bilimleri, Biyoloji, Fizik, Matematik ve Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümleri'nden oluşan bir yapıya kavuşmuştur.
