İç savaşın çıkmasıyla beraber, Kenshin, ustasının eğitimini tamamlamadan iç savaşın olduğu Kyoto`ya gider. Çünkü her zaman kalbinde insanlara yardım etme isteği vardır, Kyoto`da insanlar ölmektedir ve Kenshin bunu durdurmak için herşeyi feda edecektir. Ancak Kyoto`da süregelen olaylar onu kanlı bir katile dönüştürür. Bu sürede Tomoe Yukishiro ile tanışır, Kenshin bir suikast sırasında Tomoe`nin nişanlısını öldürmüştür ama Kenshin bunu bilmemektedir. Birbirlerine aşık olur ve beraber yaşamaya başlarlar. Ancak iç savaşın bitimine denk gelen bir zamanda, Kenshin düşmanlarıyla savaştığı bir esnada istemeden Tomoe`nin ölümüne neden olur. Bu olaydan derin etkilenen Kenshin bir daha kimseyi öldürmemeye yemin eder ve Sakabatou denen, keskin tarafı geriye bakan, bir fareyi bile kesemeyecek olan bir kılıç edinir. Herşeyi Kyoto`yla beraber geride bırakır ve ülkeyi amaçsızca dolaşmaya başlar. (TV dizisinindeki Rurouni Avare , Derbeder sıfatı buradan gelmektedir.)
Seyahatleri sırasında Kaoru Kamiya isimli bir kızla tanışır, ona rahatsızlık veren ve Kenshin`in takma adını(Battousai) kullanan birisine karşı gösterdiği mücadele onu etkiler. Zaman içerisinde gelişen olaylar Kenshin ve Kaoru`yu birbirine bağlar. Ancak geçmişi Kenshin`i asla yalnız bırakmaz.
Battousai takma adı Kenshin`in ustalaştığı, Hiten Mitsurugi tekniğinin "Battoujutsu" hareketinden gelmektedir.
94 bölümlük Rurouni Kenshin TV serisi, Kenshin`in Kyoto`yu terkettikten sonraki hayatını anlatır. İlk 4 OAV , Kyoto zamanını ve TV Serisinde Shisho Makoto ile olan geçmişini anlatır. Sineması ise, TV serisi bittikten sonra geçen bir olayı anlatır.
Son 2 OAV ise Kenshin ile Kaoru ve oğulları Kenji arasındaki ilişkileri anlatan dramatik bir çalışmadır.
