1998'de UNC'deki koçu C.J.Hunter ile evlendi.Hunter 2000 Sydney Olimpiyatları öncesinde yapılan doping testlerinin pozitif çıkması sonucu yarışlardan men edildi. Çift bu olaydan iki yıl sonra 2002 yılında boşandı. Jones 28 Haziran 2003'te 100 m Dünya Rekoru sahibi olan erkek arkadaşı Tim Montgomery'den ,Tim Montgomery Jr. isminde bir erkek çocuk dünyaya getirdi. Hamileliği nedeniyle 2003 Dünya Atletizm Şampiyonası'na katılamadı. Bu sırada erkek arkadaşı Tim Montgomery ,performans attırıcı ilaç kullandığı gerekçesiyle atletizmden uzaklaştırıldı ve rekoru fesedildi. Marion Jones 24 Şubat 2007'de sprinter Obadele Thompson ile evlendi.
23 Haziran 2006 yılında İndianapolis'te yapılan testte performans arttırıcı Eritropoetin kullandığı tespit edildi. Fakat sonrasında yapılan ikinci test negatif çıkınca atlet aklandı. 5 Ekim 2007'de yaptığı açıklamada yalan söylediğini itiraf ederek, 1999 yılından itibaren iki yıl süreyle doping kullandığını belirti ve 2 yıl spordan men cezası aldı. 8 Ekim 2007'de 2000 Sydney Olimpiyatları'nda 3'ü altın 2'si bronz olmak üzere kazandığı 5 madalyayı iade etti. Yaşattığı hayal kırıklığından dolayı tüm hayranlarından ve ülkesinden özür diledi.
