Melchior Ndadaye (d. 28 Mart 1953 - ö. 21 Ekim 1993), Burundili entelektüel ve siyasetçi. Ndadaye, Afrika ülkesi Burundi'de 1993 yılında kısa bir süre devlet başkanlığı makamında bulunmuştur.
Ülkesi Burundi'nin demokratik seçimler ile devlet başkanlığına seçilen ilk devlet başkanı olan Ndadaye, ülkesinin aynı zamanda bu makama gelen ilk Hutu kökenli siyasetçisi olmuştur.
Bu makamda sadece dört ay gibi kısa bir sürede kalabilen Ndadaye, 21 Ekim 1993 tarihinde Tutsi ordu mensuplarının darbesi ile görevden uzaklaştırılarak öldürülmüştür. Ndadaye'nin öldürülmesi Hutular ile Tutsiler arasında yaşanan Burundi İç Savaşı'nın başlangıcı olmuştur.
