Mezamorta 1683 yılında Cezayir Beylerbeyliğine getirilmiştir. Bu görevde iken Fransızlara karşı zaferler kazanmıştır. Venedikliler Sakız Adasını işgal edince 7-8 Şubat 1695 tarihinde, 44 gemiden oluşan Türk Donanması Kalyonlar Kaptanı sıfatı ile eski Foça önündeki Orak Adasından kalkarak Venedik Donanmasının bulunduğu Koyun Adalarına gitmiştir.
Burada 60'tan fazla gemiden oluşan Venedik Donanmasını bozguna uğratıp bir çok gemilerini batırarak 9 Şubat 1695'te büyük bir zafer kazanmıştır.
1696'dan 1701 yılına kadar Kaptan-ı Derya olarak görev yapan Hüseyin Paşa, ıslahatçı bir Amiral idi. Emrindeki donanmanın eksikliklerini bildiği için yeni düzenlemelere girişmiş ve yeni bir Bahriye Teşkilat Kanunu hazırlamıştır.
