Müzisyen bir anne ve ressam bir babanın oğlu olarak dünyaya geldi. 1980`lerin başında Paris`teki güzel sanatlar akademisinde grafik eğitimi gördü. Burada Oui Oui isimli bir müzik grubu kurdu ve grubun bateristliğini yaptı. Grubun şarkılarına çektiği video kilplerle yönetmenliğe başladı. Kliplerden birini MTV`de yayınlanırken gören Björk kendisinden ilk albümü debut`un ilk single`ı olan human behaviour`a klip çekmesini istedi.Bu isteği geri çevirmeyen Gondry, bu klip sayesinde başka müzisyenlerin de ilgisini çekti. Daha sonra Massive Attack, Rolling Stones, Beck, The Chemical Brothers, Radiohead, Noir Dí©sir gibi birçok önemli grubun ve müzisyenin şarkılarının video kliplerini yönetti.
Sinema yönetmenliğindeki ilk uzun metraj denemesi senaryosunu Charlie Kaufmann`ın yazdığı Human Nature (2001) oldu. Daha sonra yine senaryosunu Charlie Kaufmann`ın yazdığı Eternal Sunshine of the Spotless Mind`ın (2003) ve senaryosunu kendi yazdığı The Science Of Sleep`in (2006) yönetmenliğini üstlendi.
Aynı zamanda birçok kısa filme imza atan ve Amd, Air France, Nike, Levi`s, BMW gibi birçok şirketin reklam filmlerini çeken yönetmen, Be Kind Rewind ve Master Of Space And Time adlı uzun metrajlı film projeleri üzerinde çalışmaya devam etmektedir.
