Mustafa Erdoğan ayrıca 1992 sonunda, başta Atilla Yayla ve Berat Özipek olmak üzere, bir grup arkadaşıyla birlikte Liberal Düşünce Topluluğu`nu kurdu. 1996 yılından beri bu topluluğun çıkardığı Liberal Düşünce adlı üç aylık fikir ve araştırma dergisinin editörlüğünü yürütüyor ve akademik çalışmalarını da öncelikle bu dergide yayımlıyor.
Erdoğan yaklaşık yirmi yıldır aktif olarak düşünce ve yazı hayatının içinde yer almaktadır. Liberal Düşünce dışında, Yeni Forum (1983-93), Siyasal Bilgiler Fakültesi Dergisi (1986-1990), Türkiye Günlüğü (1989-1994), HÜ İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi Dergisi, Sosyopolitik Yaklaşım, Diyalog, İslami Araştırmalar, Karizma, Doğu-Batı, İslamiyat gibi dergilerde onlarca bilimsel makalesi ve çeşitli gazetelerde (Yeni Yüzyıl, Yeni Binyıl, Radikal, Zaman, Yeni Şafak, Öncü) yüzlerce güncel yazısı yayımlandı. Bazı makaleleri yabancı dergilerde yayımlandı. Halen düzenli olarak Liberal Düşünce Topluluğu`nun web sayfası (Açık Toplum) için kısa yazılar yazıyor.
Eserleri
- ``Liberal Toplum Liberal Siyaset``, (1993, 1998),
- ``Anayasacılık Parlamentarizm Silahlı Kuvvetler``, (1993),
- ``Demokrasi Laiklik Resmi İdeoloji``, (1995, 2000),
- ``Anayasal Demokrasi``, (1996, 1997, 1999, 2001),
- ``Türkiye`de Anayasalar ve Siyaset``, (1997, 1999, 2001),
- ``Rejim Sorunu``, (1997), 28 Şubat Süreci (1999),
- ``Dersimiz Özgürlük``, (2001).
- ``Erdoğan`ın üç de çevirisi var: Jack Donnelly`den Teoride ve Uygulamada Evrensel İnsan Hakları``, (1995, L. Korkut`la birlikte),
- ``F. A. Hayek`ten Sosyal Adalet Serabı``, (1995),
- ``Norman Barry`den Komünizm Sonrası Dönemde Klasik Liberalizm``, (1997).
Mustafa Erdoğan evli ve iki çocuk babasıdır.
