Mustafa İsen (3 Aralık 1953, Nalköy, Ferizli, Sakarya Türkiye), Türk akademisyen, bürokrat, siyasetçi.
İlk öğrenimini Sakarya’da yaptı. 1971'de Çorum İmam Hatip Lisesi'nden mezun oldu.1975 yılında Atatürk Üniversitesi Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü'nü bitirdi. Üniversiteden sonra İstanbul'da öğretmenlik; Atatürk Üniversitesinde asistanlık yaptı. 1981 yılında Türkiye Cumhuriyeti Millî Eğitim Bakanlığı aracılığı ile Belgrad Üniversitesi Filoloji Fakültesi Doğu Dilleri Bölümüne öğretim elemanı olarak görevlendirildi ve 1983 yılına kadar burada çalıştı. Aynı yıl yardımcı doçent tayin edildi ve yurda dönüşünden sonra Atatürk Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünde öğretim üyesi olarak çalıştı.
Bu yıllarda kuruluş aşamasında olan Van Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünde de alanıyla ilgili dersler verdi. 1988 yılında Millî Eğitim Bakanlığı’nda müşavir olarak görevlendirildi. Aynı yıl, Eski Türk Edebiyatı alanında doçent oldu ve 1989 yılında Gazi Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümü’ne doçent olarak atandı. Gazi Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi Dekan yardımcılığı ve Gazi Üniversitesi Türkçe Öğrenim Uygulama ve Araştırma Merkezi Başkanlığı (G.Ü. TÖMER) yaptı.
1994 yılında Profesör oldu. Ahmet Yesevi Uluslararası Türk-Kazak Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü’nde müdürlük, Gazi Üniversitesi Fen Edebiyat Fakültesi Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünde Bölüm Başkanlığı yaptı. Ardından Gazi Üniversitesi Fen-Edebiyat Fakültesi dekanı oldu (1997). 2000 yılında Başkent Üniversitesi’ne geçti ve burada Türk Dili ve Edebiyatı Bölümünü kurdu.
17 Aralık 2002 tarihinde Kültür Bakanlığı Müsteşarlığına atandı. Kültür ve Turizm Bakanlıklarının birleşmesi sonucu 17 Haziran 2003 tarihinde Kültür ve Turizm Bakanlığı Müsteşarlığına tayin edildi.
