Mustafa Karaer, (d. 1924, Bolu, Türkiye - ö. 3 Ağustos 2009), Türk bürokrat. İlk ve orta tahsilini Bolu'da tamamladıktan sonra Bursa Erkek Lisesi'ni bitirdi. 1949 yılında Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi'nden mezun oldu. 1960 yılında 35 yaşında Türkiye'nin en genç valisi olarak Gümüşhane'ye tayin olmuştur. Daha sonra sırasıyla Ordu, Eskişehir, Çankırı ve Edirne'de valilik yapmıştır. Sunucu Caner Karaer'in kardeşidir.
