Dağlar: İl topraklarının % 35’ini kaplayan, başlıca dağları şunlardır: Bingöl Dağlarının uzantısı Akdoğan Dağı (2878 m), Şerafettin Dağları (2544 m), Bilican Dağları, Bilicantepe (Ziyarettepe, Vangesan Tepesi (2959 m) ilin en yüksek noktasıdır. Haçres Dağları ve Büyük Kurtik (2648 m)’dir. İl topraklarının % 38’i platolar olup, daha çok Murat Vadisi ile dağların dorukları arasındaki sırtlarda yer alırlar. Murat Vadisinden Van Gölüne doğru yükseklik artar. Bu bölge yayla şeklindedir. Kuzey ve kuzeybatı platolarda su çoktur. Buralarda küçükbaş hayvan beslenir. Muş’un bütün yaylaları hayvancılığa elverişlidir.
Ovalar: En genişi Muş Ovasıdır. Iğdır Ovasından sonra doğunun en geniş ovasıdır. Uzunluğu 80, genişliği 25 km’dir. Yüzölçümü 1650 km2’dir. Murat Irmağı çevresinde sulak bir ovadır. Deniz seviyesinden yüksekliği 1250-1400 m’dir. Çok eski devirlerde deniz olan bu bölgede deniz dibi madenleri volkanik kayaların kırpıntıları ile birleşerek bereketli bir ova meydana gelmiştir. Elips şeklinde olan ovanın etrafı yüksek dağlarla çevrilidir. Diğer ovalar ise: Bulanık Ovası 525 km2 Liz Ovası 160 km2, Malazgirt Ovası 450 km2 olup, geniş bir bozkır şeklindedir.
Akarsular: İlin en büyük akarsuyu Murad Irmağıdır. Bu ırmak Fırat Nehrinin en önemli koludur. Murad Irmağı Ağrı Aladağlardan doğar. Gökşer ve Hınıs sularını alır, Muş Ovasının ortasında 68 km uzunluğundaki Karasu Çayı ile birleşir. Batıya akarak Bingöl sınırları içine girer. Murad Irmağının Muş il sınırları içindeki uzunluğu 206 km’dir. Murad Suyu çok yerde göl manzarası arzeder. Karasu da Muş ilinin doğusunda bataklık yapar. Kış aylarında donan bu yerlerin bataklık olmayan yerlerinin buzları çözüldüğünde balık avlanır.
Göller: Tabii gölleri büyük değildir. Bulanık Göl, yüzölçümü 10 km2, en derin yeri 7 m, kışın donar, üzerinde yürünebilir. Yazın suyu fazla eksilmez. Gölün büyük kısmı sazlık ve bataklıklarla kaplıdır. Yaban ördeği sürülerle dolaşır. Avcılık bakımından önemlidir. Seki Gölü (Hamurpet Gölü), yüzölçümü 3 km2dir. Alabalık çoktur.
İklim ve Bitki Örtüsü
İklim: Muş ilinde sert kara iklimi hüküm sürer. Sıcaklık -29°C ile +37°C arasında seyreder. Senenin 120 gününde sıcaklık +30°C’nin üzerinde, 120 gün O°C’nin altında olur. Kışın fazla kar yağar. Senelik yağış miktarı 1000 mm ile 350 mm arasındadır. Kışlar çok soğuk ve uzun, yazlar kısa, sıcak ve kurak geçer.Bitki örtüsü: İl topraklarının % 53’ü çayır ve mer’alarla, % 11’i orman ve fundalıklarla ve % 33’ü ekili ve dikili alanlarla kaplıdır. Ovalar bozkır (step) görünümündedir. Yaylalar ve platolar uzun müddet karla örtülü kaldığı için yeşilliğini uzun müddet muhafaza eder. Ormanlarda meşe çoğunluktadır. Tarıma elverişsiz arazi % 3’tür.