III. yy.dan beri Nebi Circis Camii ve Meşhedi olarak vakıf kayıtları bulanan yapı, 1393 Timur istilasından sonra külliye haline getirilmiştir. 1716`da Celili İsmail Ağa Dariül Kur`a ve medreseyi; 1834 yılında Celili Hüseyin Paşa doğudaki Hanefiler kısmını; 1853`te Mehmed Şerif Ağa bugünkü minareyi yaptırmışlardır. 1867`de türbe eski temelleri üzerinde yeniden yapılmış; külliye 1910 ve 1919 yıllarında büyük ölçüde tamir görmüştür. Ancak bugün harabe halindedir.
Bugün, harim ile minare ve türbe dışındaki bütün bölümleri yıkılmış olan külliyenin, geniş bir alana yayıldığı görülmektedir. Cuma, Hanefiler ve Şafiiler kısmından oluşan 3 bölümlü cami, caminin batısında I. Medrese ve Dar-ül Kur`a; güneydoğusunda İsmail Celili Medresesi ve türbe yer almaktadır.
Külliyenin güneydoğusundaki geniş avluya, Nebi Circis Caddedinden eyvan şeklinde büyük bir taçkapıyla girilmektedir. Taçkapı kemer alınlığında 2 satırlık kitabe yer almaktadır. Ayrıca, saçağın üstünde, bugün yarısı yıkılmış olan Nebi Circis türbesinin dilimli külahının 2 maketi yapılmıştır. Avlunun etrafını çeviren duvar tamamıyla yıkılarak enkaz haline gelmiştir.
