Eczacı Süleyman Ferit Eczacıbaşı`nın oğludur. 1934`te Almanya`daki Heidelberg Ruprecht Karls Üniversitesi`nde kimya öğrenimini tamamladı. Ertesi yıl ABD`deki Chicago Üniversitesi`nden yüksek kimya diploması aldı. Uzmanlık alanı olarak biyokimyayı seçti. Berlin Üniversitesi Kimya Fakültesi`ni bitirerek 1937`de kimya doktoru oldu. 1939`a değin Kaiser Wilhelm Enstitüsü`nde (sonradan Max Planck Enstitüsü) Profesör Adolf Butenandt`ın asistanlığında bulundu. Hormonlar ve vitaminler üzerine araştırmalar yaptı.
Türkiye`ye döndüken sonra, 1940`ların başında vitamin hapları ve vitaminli bebek maması üreten küçük bir laboratuvar kurdu. Daha sonra İstanbul`da kurulan Eczacıbaşı İlaç Fabrikası`nın yönetimini üstlenerek Türk ilaç sanayisinin gelişiminde önemli rol oynadı. 1940`larda başladığı seramik eşya imalatının yanı sıra seramik sağlık gereçleri, temizlik kağıtları, konserve, kaynak elektrodları, plastik kökenli ambalaj malzemesi ve sağlık aramatürleri gibi alanlarada girdi. 1974`te sermaye piyasasına girerek halka açık ilk yatırım ortaklığını kuran Eczacıbaşı, 1969`da kurulan Eczacıbaşı Holding A.Ş.`de yönetim kurulu üyeliğini üstlendi.
Türk Eğitim Vakfı`nın kurucuları arasında yer alan Eczacıbaşı, 1972`den beri Uluslararası İstanbul Festivali`ni düzenleyen İstanbul Kültür ve Sanat Vakfı (İKSV) ile DR. Nejat F. Eczacıbaşı Vakfı`nın da kurucularındandır. İstanbul Festivali`nin başarılarından dolayı 1974`te Avrupa Konseyi`nden madalya aldı.1983`te Türk Kimya Derneği Kimya Sanayiine Katkı Onur Belgesi`ne, 1975`te Türkiye Kızılay Derneği Şeref Madalyası`na, 1976`da da Almanya Federal Cumhuriyeti Büyük Liyakat Nişanı`na değer görüldü.Nejat Eczacıbaşı anlıarını ``Kuşaktan Kuşağa`` (1982) adıyla yayımladı. 1946`da Beyhan (Ergene) Eczacıbaşı`yla yaptığı evlilikten Faruk Eczacıbaşı ve Bülent Eczacıbaşı doğmuştur. İzmir Rotary Kulübü`nün kurucu üyelerindendir.
