1 Şubat 1979`da gazeteci Abdi İpekçi`nin öldürülmesi olayının firari sanığı Mehmet Ali Ağca olayın sanığı olarak yakalanmıştır. Suikast girişimi İtalya`da diplomat olarak görev yapan iki Bulgar`ın tutuklaması üzerine Soğuk Savaşın iki süper gücünü karşı karşıya getirmiştir.
Aslen Polonyalı olan Papa, Amerikan tezine göre Sovyet Gizli Servisi KGB ve Bulgaristan devleti tarafından öldürülmek istenmişti. Bulgarlar bu amaçla solcu bir Türk eylemci olan Ağca ile anlaşmış ve suikasti düzenlemişlerdi. Bu iddia ABD ve Batı dünyası tarafından uzun süre kullanıldı ve Bulgar Bağlantısı olarak anıldı.
Sovyet tezine göre ise suikast Bulgar diplomatlara ve Doğu Blokuna yönelik bir komploydu. Amerikan Gizli Servisi CIA, Polonya`da örgütlenen ve Sovyet karşıtı bir muhalefetin önderliğini yürüten Dayanışma Sendikası`na destek veren Polonya asıllı Papa`ya suikast düzenletmiş, bu amaçla da Türkiye`de ülkücü militan olarak tanınan Ağca`yı kullanmıştır.
Her iki tez de bazı yanlışlar içeriyordu. Ağca ABD`nin iddia ettiği gibi solcu değildi, Sovyet gazetecilerin ileri sürdüğü gibi ülkücü bir militandı ve Bulgar gizli servisi ile ilişkisi vardı. İpekçi cinayeti sonrası hapisten kaçmış ve sahte pasaport ile Bulgaristan`a geçmişti. Orada Bulgar Gizli Servisi ile ilişkili Türk Mafyası tarafından saklanmış, bir süre sonra Avrupa`ya gönderilmişti. Ağca`nın suikastte kullandığı silah bir Nasyonel Sosyalist`ye aitti. Sovyetler Biriği, Polonya asıllı Karol Josef Wojtyla`nın 2. Jean Paul adıyla papa seçilmesinden sonraki komünizm karşıtı söyleminden oldukça rahatsızdı.
Ağca, Papa suikastı sonrasında yargı sürecinde sürekli olarak değişik ifadeler verdi ve akıl sağlığından yoksun bir karakter görüntüsü çizdi. Mahkeme ve soruşturmalarda 128 farklı ifade veren Ağca, kendisinin beklenen İsa Mesih olduğunu ilan etti. Mahkeme heyeti 22 Mart 1986`da Ağca`yı ömür boyu hapse mahkum etti. Ancona cezaevinde yatmakta iken 13 Mayıs 2000`de İtalyan hükümeti tarafından Türkiye`ye gönderildi.
