São Tomé (2005'te nüfus 56,166), São Tomé ve Príncipe ülkesinin başkenti'dir. Ülkenin en büyük şehridir. Şehir adını Portekizli kâşif "Saint Thomas"'tan almıştır.
Şehir İçinde; başkanlık sarayı, kiliseler, sinemalar, ulusal stadyum, uluslararası havaalanı, okullar, 2 alışveriş merkezi, 1 radyo, 1 TV istasyonu ve hasteneler vardır.
São Tomé'dan Avrupa ve diğer Afrikalı ülkelere uluslararası havaalanı düzenli uçuşlar vardır.