İstanbul’daki en büyük yapı komplekslerinden biri olan külliye, bir cami, medreseler, hünkar kasrı, arasta, dükkanlar, hamam, çeşme, sebiller, türbe, darüşşifa, sıbyan mektebi, imarethane ve kiralık odalardan oluşmaktadır. Bu yapıların bir kısmı günümüze ulaşamamıştır.
İçindeki 20.000’i aşkın çininin renginden ötürü yabancılar tarafından “Mavi Camii” olarak adlandırılan cami, külliyenin merkezinde yer almaktadır. Cami, geniş bir avlu ve ona eş büyüklükte bir iç mekandan oluşur. Zeminden yükseltilmiş avluya basamaklarla ulaşılır. Avluda üzeri kubbeyle örtülü, fıskiyeli bir havuz vardır. Sultanahmet Camii’nin bir diğer ayırt edici özelliği de minareleridir. İstanbul’daki altı minareli tek camidir. Bu minarelerden dördü cami gövdesine bitişik ve üç şerefelidir. Diğer iki minaresi ise avlunun köşelerinde olup, iki şerefelidir.
Caminin büyük kubbesi yaklaşık 34 m. çapında ve yerden 43 metre yüksekliğinde olup, 5 metre çapında dört fil ayağının üzerine oturmaktadır. Bu büyük kubbeyi destekleyen dört tane de yarım kubbe vardır. Camiyi yerden kubbeye kadar 5 kat halinde ve renkli camlarla kaplı 260 pencere aydınlatır. Cami, çinilerin yanı sıra, sedef kakmalı mermer minber, işlemeli mermer mihrap, kalem işi süslemeler, sedef kakmalı ahşap kapı, pencere kapakları ve rahleler, kubbeye asılan devekuşu yumurtaları gibi dönemin başyapıtları sayılan öğelerle donatılmıştır.
Külliyenin bir diğer yapısı Hünkar Kasrı’dır. Padişahın namaz öncesi veya sonrasında dinlenebileceği bir yapı olarak tasarlanan bu bina bir cami etrafına yapılan ilk sultan kasrıdır. Külliyenin dış avlusunda yer alır. Külliyenin kuzeydoğu köşesinde türbe yer almaktadır. Bu türbede Sultan I.Ahmed, eşi Kösem Sultan, oğulları Sultan II.Osman ve Sultan IV.Murad ile bazı torunları gömülüdür. Türbenin yakınında ise medrese yer alır. Bu medrese günümüzde Başbakanlık arşiv deposu olarak kullanılmaktadır.
Külliyenin dört sebilinden üçü günümüze ulaşmış bulunmaktadır. Bunlardan biri arastanın içinde, diğeri dış avlu kapısı yanında, üçüncüsü ise türbe civarındadır.
