Thomas Helmer (d. 21 Nisan 1965, Herford), Alman eski millî futbolcudur.
Futbol oynarken stoper olarak görev yaptı.
Helmer Borussia Dortmund ve FC Bayern München formaları giydi. Bundesliga'da 15 sezon boyunca yaklaşık 400 maçta forma giydi. 1996 yılında Avrupa Futbol Şampiyonası'nı kazandı.
