Şehzade Külliyesi bir cami, medrese, tabhane, mektep, imaret ve türbelerden oluşmaktadır. Cami, külliyenin merkezinde yer almaktadır. Bir dış avluyla çevrilmiş bulunan caminin ayrıca bir de iç avlusu vardır. İç avlunun ortasında kubbeli bir şadırvan bulunmaktadır. İç avlu duvarlarının camiyle bitiştiği yerde caminin minareleri yer almaktadır. Caminin büyük kubbesinin çapı 19 m. yüksekliği ise 37 m.`dir ve dört yarım kubbe ile desteklenir. Bu büyük kubbe dört fil ayağı üzerine oturur. Cami içindeki minber, mihrap ve müezzin mahfili güzellikleriyle dikkat çekicidir.
Külliyede, haziresinde beş tane, dış avlu duvarlarında dörtgen biçiminde bir tane olmak üzere toplam altı türbe vardır. Bunlardan özellikle Şehzade Mehmed Türbesi İstanbul`un en güzel mezar yapılarındandır. Medrese, sıbyan mektebi, imaret ve tabhanesi, kuzey yönünde ve avluya duvar oluşturacak biçimde yerleştirilmişlerdir.
