Sea Shepherd, Antarktika'daki nesli tükenmekte olan balinaları avlamak için harekete geçen Japon balıkçılarıyla mücadele etmektedir. Dernek, balina avcılığı konusunda şiddete başvurmadan direniş sergilemeyi yeğleyen Greenpeace'e nazaran, uluslararası balina avcılığı hukukunu çiğneyen gemilerin kasıtlı olarak batırılmasını ya da sabote edilmesini onaylar. Sonuç olarak Sea Shepherd ile bağlarını koparan Greenpeace, derneğe hiçbir konuda destek sağlamamakta kararlıdır.
Merkez büroları Amerika Birleşik Devletleri'nin Washington eyaletinde ve Avustralya'nın Melbourne kentindedir.
