1960-61 sezonunda Türkiye Ligi şampiyonu olan Fenerbahçe, tarihinde ikinci kez Avrupa Şampiyon Kulüpler Kupası'na katıldı. Birinci turu bay geçerek atlayan Fenerbahçe'nin karşısına Batı Almanya şampiyonu F.C. Nürnberg takımı çıktı. O dönemde Alman Futbolu her zamanki istikrarlı çizgisini sürdürüyordu. Almanya Milli Futbol Takımı 1954 Dünya Kupası şampiyonluğundan sonra, 1966'da final oynamış, 1958'de Dünya dördüncüsü olmuş, 1962'de de çeyrek finalde elenmişti. Kulüp takımları da başarılı olmuş, Eintracht Frankfurt 1960'ta final, Hamburg SV da 1961'de yarı final oynamışlardı. Fenerbahçe o tarihe kadar Alman takımlarıyla 17 maç yapmıştı. Birinci Dünya Savaşı günlerinde müttefik Alman kuvvetleri takımlarıyla yaptığı 9 maçın 7'sini galibiyet, 2'sini beraberlikle bitiren sarı-lacivertliler 29 gol atıp 5 gol yemişler, Savaş sonrasında yapılan 8 maçın da yine 7'sini galibiyetle, 1'ini de beraberlikle tamamlamış, 11'e karşı 28 gol atmışlar, dolayısıyla 1961'e dek hiçbir Alman takımına yenilmemişlerdir . Galatasaray'ın 1921 turnesi sırasında 2 Ekim 1921'de (o dönemde de Almanya şampiyonu iken) 6-0 yenildiği bu takımla oynanacak bu maç bir anlamda Türk futbolunun Nürnberg ile rövanşı olacakken, Türk futbolu bir anlamda kendini çelmelemiştir. Zira 18 Ekim'de oynanan maç öncesinde Fenerbahçe 14 Ekim'de deplasmanda Ankara Demirspor ile oynamış, 15 Ekim'de yine Ankara'da oynanması gereken Gençlerbirliği maçı da 1961 Türkiye genel seçimleri nedeniyle Türkiye Futbol Federasyonu tarafından 16 Ekim Pazartesine ertelenmiştir. 48 saat sonra İstanbul'da Alman şampiyonuna karşı oynayacak Fenerbahçe'nin maçların ertelenmesi ya da Cuma-Cumartesi oynanması talebi de Ankara Kumandanlığı'nın yanısıra, Futbol Federasyonu'nca Spor-Toto kuponlarının basılmış olduğunu gerekçe göstererek reddedilmiştir . Ankara'daki yorucu deplasman maçlarından sonra 17 Ekim Salı İstanbul'a dönen Fenerbahçe yorgun bir şekilde Alman şampiyonunun karşısına çıkmış ve ikinci yarıda yediği gollerle yenilmiştir. Rövanş maçına Fenerbahçe, İtalya'ya transfer olan Can Bartu ile sakat Lefter Küçükandonyadis ve İsmail Kurt'tan mahrum çıkmış ve 72. dakikadaki golle 1-0 yenilmiştir. Yan hakemin ısrarlı ofsayt bayrağına rağmen golü veren Macar hakemin hatalı kararı yalnız Türk değil Alman kamuoyunda da hatalı karar olarak kabul görmüştü . Nürnberg, beklendiği üzere, kupada daha fazla ilerleyemedi ve çeyrek finalde o sezon şampiyon olacak Benfica'ya 3-1'in rövanşında 6-0 yenilerek elendi .
Ligi'nde tarihinin en başarısız sezonunu geçiren basketbol takımı beşinci olabildi ve Türkiye Şampiyonası'na katılma hakkını elde edemedi. Ligde bir önceki sezonda olduğu gibi 18 maçta 12 galibiyet alan sarı-lacivertliler 42 puan topladılar. Attıkları 1217 sayıya karşı 892 sayı yediler . Kadın takımı ise bu sezon lige katılmadı.
Voleybol
Antrenörlüğüne Ayhan Demir'in getirildiği takım yükselişini sürdürdü ve Teşvik Turnuvası'nda final oynadıktan sonra İstanbul Erkekler
Ligi şampiyonluğunu Galatasaray'a karşı koruyan kadın takımı 1961-62 sezonunda ezeli rakibinin ve Rasimpaşa'nın gerisinde İstanbul üçüncüsü oldu. 26 Mart-1 Nisan 1962 tarihlerinde İstanbul'da 7 takımın iştirakiyle düzenlenen Türkiye Kadınlar
Şampiyonası öncesi ise 1960'ların başından itibaren gerilemeye başlayan Türk atletizmi için skandallarla dolu geçti. İlk aşamada, 21-22 Temmuz 1962'de 23.000 puanı geçen takımların Türkiye Şampiyonası’na katılacakları İstanbul elemeleri yapıldı. Şubesini 1961'de yeniden kuran ve elemelere tam kadro katılan Galatasaray 27.784, Fenerbahçe 24.174, Beşiktaş 24.080 ve Kurtuluş 23.732 puanla Şampiyona'ya katılmaya hak kazandılarsa Federasyon önce elemelerin geç yapıldığını öne sürerek bu dört takımı Şampiyona’ya dahil etmedi. Dört kulüp atletizm şubelerini kapamakla tehdit edince geri adım attı. Ancak daha sonra eski Galatasaraylı sporcu olan Jerfi Fıratlı Federasyon Başkanı olunca bu defa İstanbul'u temsilen sadece Galatasaray’ın gönderilmesine karar verdi. Fenerbahçe, İstanbul şampiyonu olan bir takımın Türkiye Şampiyonası'na katılamamasındaki garabete işaret ettiği gibi, elemeler bağlamında da daha önce açıklanmış kıstaslara uyulmadığını da vurgulayarak itirazda bulunduysa da, itiraz kabul görmedi. Bunun üzerine Fenerbahçe, kuralların sürekli değiştirilerek Galatasaray'a şampiyonluk yolunun açılmasına çalışmakla itham ettiği Federasyonu ve şampiyonayı protesto etti. 23-24 Haziran 1962'de Mithatpaşa Stadı'nda yapılan İstanbul Şampiyonası'nda kadın takımı 1958'den beri elinde tuttuğu şampiyonluğu korudu, Temmuz'da ise bir kez daha Türkiye Şampiyonu oldu. Genç takım ise İstanbul ikincisi oldu. Kros takımı hem erkeklerde hem de bayanlarda İstanbul şampiyonluğuna ulaştı.
Boks
8-9 Ocak 1962’deki İstanbul Ferdi Şampiyonası’nda 67 kiloda İlhami Evrensel altın madalya aldı.
Masatenisi
Nazım Arpacı, Kazım Osmanlı ve Ümit Paker'den kurulu masatenisi takımı bir yıl önce eline geçirdiği İstanbul şampiyonluğunu korudu. Bölgelerarası düzenlenen Türkiye Şampiyonası'nda bölge şampiyonu olarak İstanbul'u temsil etti ve tarihindeki ikinci Türkiye şampiyonluğunu kazandı .
Kürek
İstinye'deki denizcilik lokalinin İstanbul Büyükşehir Belediyesi tarafından istimlak edilmesinden sonra düzenli çalışma olanağı bulamayarak bir süre şampiyonluklardan uzak kalan Fenerbahçe bu sezon Kurbağalıdere'ye döndü ve yeni bir çalışma sistemi benimsedi. Sezon başı yarışlarında Galatasaray'ın gerisinde kalan ve 5 Ağustos 1962'de düzenlenen İstanbul
Kürek
Şampiyonası'nda rakibinin 4 birinciliğine karşı 2 birincilik, 1 ikincilik ve 1 üçüncülük ile İstanbul ikincisi oldu. Fenerbahçe'nin rakibinin iki lisasnssız sporcu yarıştırdığı yönünde yaptığı itirazın sonucunda Galatasaray'ın dört tek takımı ceza alsa da şampiyon değişmedi . 1951-1956 arasında şampiyonluklar kazanan, ancak 1957-61 arasında türlü nedenlerle sendeleyen Fenerbahçe'nin kürekteki ihtişamlı günlere dönüşünü simgeleyen Türkiye
Şampiyonası 12 Ağustos 1962'de İstanbul/Kartal'da yapıldı. Şampiyonada Fenerbahçe 4 tek dümencisiz (Şamil Şiltan, Gürol Okuyucu, Nejat Akdoğan, Taylan Artuğ), tek çifte (Kemal Yüce) ve 8 tekte (Kazım Deniz, Şamil Şiltan, Gürol Okuyucu, Nejat Akdoğan, Taylan Artuğ, Nimet Sınay, Cemil Mataracı, Cem Buba, Beyhan Karakullukçu) ile 3 birincilik ve 1 ikincilik ("2 çifte"/Kemal Yüce-Nimet Sınay) kazandı. Anadoluhisarı da 3 birincilik ve 1 ikincilik kazanınca şampiyonu sekiz tek yarışı belirledi. Bu yarışı kazanmış olan Fenerbahçe 1954 yılından beri 7 yıl aradan sonra Türkiye şampiyonluğuna ulaştı . Bu şampiyonluğun rakiplerinin modern futalarına karşı eski tip (bindirme) futalarla kazanılmış olması da Fenerbahçe camiası için bir başka gurur vesilesi oldu.
Yelken
31 Ağustos-2 Eylül 1962 tarihlerinde düzenlenen İstanbul Yelken Şampiyonası’nda pirat yerli sınıfında Rıza Durgunoğlu-Mehmet Erbudak ekibi, pirat serbest sınıfında Vural Suveren-Celal ekibi İstanbul ikincisi, pirat serbest sınıfında Bozkurt Suveren-Necdet Egeli ekibi, snipe yerli sınıfında Haluk Paker-Cem ekibi ve yat B klas sınıfında Can Aktel ekibi İstanbul üçüncüsü oldu. 10-11 Eylül 1962 tarihlerinde düzenlenen İstanbul Gençler Yelken Şampiyonası'nda pirat sınıfında Mehmet Erbudak-Mehmet Gençeli ekibi, snipe sınıfında ise Necdet Egeli-Fehim Bingöllü ekibi şampiyon olurken, pirat sınıfında Yalçın Bengü-Haluk Paker İstanbul ikinciliğine ulaştı. Ayrıca; İstanbul Kupası, Barbaros Kupası, Turgut Reis Kupası, Mahir Safi Kupası, Galip Kulaksızoğlu Kupası, İş Bankası Kupası, Cumhuriyet Kupası ve Sonbahar Kupası gibi yarışlarda, finn, pirat ve şarpi sınıflarında Fenerbahçeli yelkenciler Zekai Tüker, Vural Suveren, Erol Ferah, Yılmaz Günler, Samim, Celal, Rıza Durgunoğlu, Aykut Atmaca, Necdet Egeli, Bozkurt Suveren ve Mehmet Erbudak muhtelif birincilikler kazandılar.
Yüzme
Yüzme takımı genç ve yıldız bayanlar kategorilerinde şampiyonluklara ulaşırken, kule ve tramplen atlamada Fenerbahçeli sporcular İstanbul ve Türkiye şampiyonluklarına ulaştılar.