Ligi'nin ikinci haftasında ezeli rakibi Galatasaray'ı 2-0'lık yenilgiden 3-2 mağlup ederek sezona yine iddialı girdi ve ilk yarıyı da yenilgisiz lider bitirdi. 3 Ocak 1969 tarihinde ikinci yarının ikinci haftasındaki maçta ezeli rakibini bir kez daha 3-2 ile deviren Fenerbahçe bir anlamda ligin bitimine 7 hafta kala birinciliğini garantiledi ve muhteşem sezonu 18 maçta 18 galibiyet ve 54/13'lük set averajıyla namağlup şampiyon bitirdi . Bir önceki sezonda olduğu gibi çift devreli düzenlenen Türkiye Şampiyonası'nda 15 Mayıs günü Ankara'da başlayan ilk devre müsabakalarında Ankara Suspor'a 3-1 yenilen takım, ODTÜ'yü 3-1 yendiyse de 17 Mayıs'ta ezeli rakibi Galatasaray'a 3-1 yenilerek şampiyonluk iddiasından uzaklaştı. İETT'yi 3-0 yenen sarı-lacivertliler Muhafızgücü'ne 3-1 yenilerek ilk yarıyı üçüncü sırada kapadı. 23-27 Mayıs tarihlerinde İstanbul'da yapılan ikinci karşılaşmalarında da beklediği sonuçları alamayan takım, Muhafızgücü, Supor ve Galatasaray'ın ardından Türkiye dördüncüsü oldu. 10 maçta 4 galibiyetle 14 puan toplayan takım 22/22'lik set averajı yakaladı. Kadın takımı 6 takımın katıldığı İstanbul Kadınlar
Ligi'nde 10 maçta hiç yenilgi almadan bir kez daha şampiyon oldular. Ezeli rakipleri Galatasaray ve Beşiktaş ile ligde yeni mücadele etmeye başlayan Eczacıbaşı'yı geride bırakan sarı-lacivertliler 15-19 Mayıs 1969 tarihlerinde Ankara'da düzenlenen Türkiye Kadınlar
Şampiyonası'na doğrudan katılmaya hak kazandılar. Şampiyonada Altınordu'yu 3-0, Ankara Demirspor'u 3-1, Galatasaray'ı 3-0, İzmir Karantina'yı 3-0 ve Kolej'i 3-0 yenen Fenerbahçe 5 maçta 10 puan ve 15/1'lik set averajıyla üstüste ikinci ve tarihinde yedinci kez Türkiye şampiyonu oldu. Genç erkek takım 2-6 Nisan 1969 tarihlerinde İstanbul'da düzenelenen Türkiye Şampiyonası'nda Ankara SSK ve Tokat Topçamspor'un ardından üçüncü oldu.
Kulübü'nü geride bıraktıysa da, başarısız geçen 1968 sezonunun ardından yenide toparlanan 28.121 puanlı Galatasaray'ın kılpayı ardından Türkiye ikincisi oldu . Takım, Kapalı Salon İstanbul büyükler ve yıldızlar şampiyonluklarını alırken, 22 Aralık 1969'da da Atatürk Koşusu’nda şampiyon oldu. Kros takımı Malazgirt Kır Koşusu’nda takım şampiyonluğuna ulaşırken, kadın takımı Ercan Örki Yarışları’nda birinci oldu.
Boks
23-24 Ocak 1969’daki İstanbul Kulüplerarası
Boks
Şampiyonası’nda Fenerbahçe 7 birincilik ve 34 puanla şampiyon oldu. 48 kiloda Ahmet Tavukçu, 51 kiloda Selim Koyunoğlu, 63,5 kiloda Hüseyin Çolakoğlu, 67 kiloda Hakkı Sözen, 75 kiloda Abdullah Ok, 81 kiloda Hamit Ercan ve ağır sıklette Namık Seyhan altın madalya kazandılar. 21-23 Şubat 1969’da Konya’da düzenlenen Türkiye Kulüplerarası
Şampiyonası’nda Fenerbahçe 12 puanla üçüncü oldu. 48 kiloda Selim Koyunoğlu ve 51 kiloda Hüseyin Karakaş altın madalya kazandılar. 1-2 Mart 1969’da Ankara’da düzenlenen Türkiye Büyükler Ferdi
Boks
Şampiyonası’nda 63,5 kiloda Hakkı Sözen altın madalya kazandı. Takım iki defa İstanbul Teşvik şampiyonluğuna ulaştı. Genç takım ise İstanbul ikincisi oldu.
Güreş
6-7 Mart 1969 tarihlerinde düzenlenen İstanbul
Güreş
Şampiyonası'nda serbest stilde 62 kiloda Ünal Aras; grekoromen stilde ise 68 kiloda Asım Pehlivan, 74 kiloda Vahap Pehlivan ve 90 kiloda Necdet Uçar İstanbul birincisi oldular. 19-21 Nisan 1969 tarihlerinde İzmir'de düzenlenen Türkiye
Güreş
Şampiyonası’nda 68 kiloda Vahap Pehlivan ve 90 kiloda ise Necdet Uçar altın madalya kazandılar. 1969 Temmuz ayına kadar ulusal takıma dört güreşçi veren Fenerbahçe, ekonomik nedenlerden ötürü, bu şubeye yaptığı yatırımı kısma kararı aldı ve bu tarihten itibaren daha ziyade genç bir kadroyla mücadele verilmeye başladı.
Halter
Mütevazı bir kadroyla çalışan bu şubenin elemanları, yaptıkları müsabakalarda başarı gösterdi ve 1969 yılında girdikleri 16 müsabakada 13 birinicilik ve 3 ikincilik elde etti.
Judo
Kulüp 1969 yılı bütçesinde 3.000 TL tahsisat ayırdığı judo şubesindeki faaliyetlerini daha ziyade genç sporcularla sürdürdü.
Masatenisi
İstanbul Şampiyonası'nda giderek güçlenen Eczacıbaşı'nın gerisinde ikincilikte kalan Fenerbahçe masatenisi erkek takımı Türkiye şampiyonluğunu ve Ankara'da Beden Terbiyesi Genel Müdürlüğü Kupası'nı kazandı. Kadın takımı ise Beden Terbiyesi Genel Müdürlüğü Kupası'nda ikinci oldu . 28-29 Ağustos 1969 tarihlerinde Konya’da düzenlenen Federasyon Kupası müsabakalarında finalde ODTÜ’yü 5-4 yenen erkek takımı şampiyon olurken, kadın takımı finalde Suspor'a 3-1 yenilerek ikincilikte kaldı .
Ajanlığı'nın düzenlediği Şadi Tezcan Kupası'nda aldığı 3 birincilikle şampiyon olarak başlayan sarı-lacivertli takım 6 Temmuz 1969'da Gençler Federasyon Kupası'nı 2 birincilik ve 2 ikincilikle aldı. Tarık Bulay'ın şube kaptanlığındaki takım 3 Ağustos'ta dört yıl üstüste kazandığı İstanbul Kupasını Galatasaray'a kaptırdı. 10 Ağustos 1969 tarihinde yapılan İstanbul
Kürek
Şampiyonası'nda Galatasaray'ın 3 birincilik ve 2 ikinciliğine karşılık, 3 birincilik ve 3 ikincilik alan Fenerbahçe dört yıl aradan sonra kılpayı şampiyon oldu . Gençler ve yıldızlar da ezeli rakiplerini geride bırakarak İstanbul şampiyonu oldular. 17 Ağustos 1969 tarihinde Ankara'nın Mogan Gölü'nde düzenlenen Türkiye
Şampiyonası'nda Galatasaray'ın 2, Hereke Sümerspor ve ODTÜ'nün 1'er birinciliklerine karşılık iki tek dümencili (Mustafa Yurdakul, Elfi Çetinkaya), dört tek dümencili (Ferruh Manav, Bülent Tamacan, Nejat, Günay Kalaycıoğlu) ve sekiz tek (Ertan, Günay Kalaycıoğlu, Nejat, Ferruh Manav, Adnan, Elfi Çetinkaya, Musatafa Yurdakul ve Bülent Tanaçan) sınıflarında üç birincilik alan Fenerbahçe 8. kez Türkiye şampiyonu oldu. Bu şampiyonluklara karşın, Fenerbahçe Teşkilat ile çatışmalar da yaşadı. Nitekim, 31 Ağustos'ta kapanış yarışı olarak düzenlenen İstanbul Mukavemet Yarışının başlangıç yeri sezon öncesinde Maltepe olarak belirlenmesine rağmen, yer değişikliği Fenerbahçe'ye tebliğ edilmemiş; Fenerbahçeli idareciler şans eseri yarış yerini bulduklarında ise, yarışmaya 6 dakika geç gelindiği iddia edilerek Fenerbahçe takımı diskalifiye edilmiş, Galatasaray hükmen galip ilan edilmiştir. Bu ilginç davranış, Fenerbahçe Spor Kulübü tarafından Bölge Müdürlüğü'ne şikayet edildi.
Yelken
2-4 Temmuz ve 6-8 Temmuz 1969 tarihlerinde düzenlenen İstanbul
Şampiyonası'nda Ahmet Baydar-Zafer Sezer ekibi snipe sınıfında Türkiye üçüncüsü, 3-5 Ağustos 1969'da Orhan Tüker-Hakan Bilgiseven ekibi snipe gençler kategorisinde Türkiye şampiyonu ve 29 Eylül 1969'da Zekai Tüker-Hilmi Tüker-Gürhan Tüker ekibi dragon sınıfında Türkiye dördüncüsü oldu. Fenerbahçeli sporcular Ahmet Baydar, Zafer Sezer, Gürhan Tüker, Zekai Tüker, Hilmi Tüker, Haluk Arıcan, Semih Arıcan, Mehmet Peynirci, Uğur Peynirci, Gökhan Cansen, Korhan Tegül, Serap, Sırrı Konuk, Rıza Durgunoğlu, Mehmet Burçkin, Azat Baykal, Haluk Baykal, Aykut Önal, Muzaffer Karacehennem, Turgay Kaplan, Mehmet Zanık, Orhan Tüker, Hakan Bilgisever, Güven Sun, Demir Muslubaş Açılış Kupası, 19 Mayıs Kupası, Oruç Reis Kupası, Turgut Reis Kupası, K. Niyazi Seyhun Kupası, İstanbul
Yelken
Kulübü Kupası, Kuruçeşme Kupası, Donanma Kupası ve Sadık Diktimir Kupası yarışlarında birçok birincilik ve çeşitli dereceler elde ettiler.
Kule ve Tramplen Atlama
21-24 Ağustos 1969 tarihlerinde Adana'da düzenlenen Türkiye Ferdi Yüzme ve Atlama Şampiyonası'nda Fenerbahçeli sporcu Muammer Çolpan kule atlamada 155,82 puanla Türkiye şampiyonu oldu. Milli takıma da seçilen Çolpan, 12-14 Eylül 1969 tarihlerinde İzmir'de düzenlenen I. Balkan Yüzme Şampiyonası'nda kule atlamada dördüncülüğü aldı.
