Plazmid

Kısaca: Plazmid, kendi kendini eşleyebilen, kromozomdan ayrı bir DNA parçasıdır. Tipik olarak dairesel ve çift sarmallıdır. ...devamı ☟

Plazmid
Plazmid



Plazmid, kendi kendini eşleyebilen, kromozomdan ayrı bir DNA parçasıdır. Tipik olarak dairesel ve çift sarmallıdır. Genelde bakterilerde, bazen ökaryotlarda da (örneğin ``Saccharomyces cerevisiae`` deki ``2 mikrometre plazmidi``) bulunur. Plazmidlerin boyu 1 ila 400 kilobaz çifti arasında değişir. Bir hücrede büyük bir plasmidin bir kopyası, daha küçük boy plazmidlerin ise yüzlerce kopyası bulunabilir. Hatta, yüksek kopya sayısına sahip olması amacıyla seleksiyona uğratılmış bazı yapay plazmidlerin (örneğin pUC plazmid serisindekilerin) binlerce kopyası olabilir.

``Plazmid`` terimi Amerikalı moleküler biyolog Joshua Lederberg tarafından 1952`de ilk defa kullanılmıştır.

Antibiyotik direnci

Çoğu plazmid içinde bulundukları bakteriye selektif avantaj sağlayan, bakteriyi bir antibiyotiğe dirençli yapmak gibi özellikler sağlayan genler veya gen grupları taşırlar.

Her plazmid kromozomdan bağımsız olarak kopyalanmasını sağlayan, bir DNA dizinine sahiptir. Replikasyon orijini (İngilizce ``origin of replication``) veya `ori` olarak adlandırılan bu dizin DNA replikasyonu başlama noktasıdır (şekil 2). Çoğu plazmid, Şekil 2`de gösterildiği gibi daireseldir ama ökaryotların kromozomlarına yüzeysel olarak benzeyen, doğrusal (lineer) plazmidlerde vardır.

Epizomlar

Epizom, konak organizmanın kromozom DNA ile bütünleşebilen bir plazmiddir. Bu yüzden uzun süre bütünlüğünü koruyabilir, her hücre bölünmesinde kopyalanır ve genetik yapının bir parçası olarak varlığını sürdürür. Plazmidler için bu terim artık kullanılmamaktadır çünkü bir plazmidin epizom olmasına nedeni, hem o hem kromozomda bulunan, transpozon gibi bir homolog bölgenin varlığıdır. Memeli hücrelerinde epizom terimi, konak kromozomlardan birine kovalent olmayan şekilde başlanmış dairesel DNA (viral bir genom gibi) için kullanılır.



Vektörler

Genetik mühendilikte kullanılan plazmidlere vektör denir. Bir canlıdan diğerine gen aktarımı için kullanılırlar ve genelde seleksiyon için kullanılabilecek bir fenotip oluşturan bir genetik işaret taşırlar. Çoğu vektörde bir çoklubağlaç (İngilizce ``polylinker`` veya çoklu klonlama yeri (İngilizce ``multiple cloning site``) de bulunur, buraya DNA parçalarının kolayca eklenmesi için yaygınca kullanılan restriksiyon yerleri içeren kısa bir bölgedir. Aşağıda Uygulamalar bölümüne bakınız.

Tipleri

Plazmidleri sınıflandırmanın bir yolu, başka bir bakteriye kendini aktarabilme yeteneğine göredir. ``Konjügatif`` plazmidler ``tra-genleri`` taşırlar, bunlar, bir plazmidin başka bir bakteriye trasnferi olan konjügasyon olayının gerçekleşmesini sağlarlar. ``Nonkonjügatif`` plazmidler konjügasyonu başlatamazlar, ancak konjügatif plazmidlerin yardımıyla, `kazara` aktarılabililer. Bir ara sınıf olarak ``seferber edilebilir`` (İngilizce ``mobilizable``) plazmidler sayılabilir, bunlar aktarım için gereken genlerin bir kısmına sahip oldukları için konjügatif plazmidlerin paraziti gibi davranırlar, ancak onların varlığında yüksek frekansta transfer olabilirler.

Farklı tiplerde plazmidlerin bir hücrede beraber bulunmaları mümkündür. ``E. coli`` `de yedi farklı plazmid bir arada bulunmuştur. Ancak ``ilişkili`` plazmidler birbiriyle bağışıksızdır, yani temel plazmid işlevlerinin denetiminin bir sonucu olarak bunlardan sadece bir tipi varlığını sürdürebilir. Dolayısıyla plazmidler ``uyumluluk grupları`` `na ayrılırlar.

Plazmidlerin bir diğer sınıflandırması işlevlerine göredir. Beş ana sınıf vardır:
  • ``Fertilite-F-plasmidleri``, tra-genleri taşırlar. Bakteryel konjügasyon yapabilirler.
  • ``Rezistans-(R) plazmidleri``, antibiyotik ve zehirlere karşı direnç sağlayan genler içerirler. Plazmidlerin ne olduğu bilinmeden evvelki zamanlarda R-faktörler olarak bilinirlerdi.
  • ``Col-plazmidleri``, kolisinleri kodlayan genler içerirler. Kolisinler başka bakterileri öldürebilen protein türleridir.
  • Yıkıcı plazmidler, ender bileşiklerin (tolüen veya salisilik asit gibi) yıkımını sağlarlar.
  • ``Virülans plazmidleri`` bakterinin patojen olmasına neden olurlar.


Plazmidler bu grupların birden fazlasının birden üyesi olabilirler.

Her bakteride bir veya birkaç kopya halinde bulunan plazmidler, hücre bölünmesinin ardından yavru bakterilerden birine aktarılmama riskini taşırlar. Bu tür tek kopyalı plazmidler her yavru hücreye plazmidin bir kopyasının dağıtılmasını sağlayan sistemlere sahiptirler.

Bazı plazmidler bir ``bağımlılık sistemi`` veya ``ayrılma sonrası öldürme sistemi`` (İngilizce "postsegregational killing system (PSK)") içerirler. Hem uzun etkili bir zehir ve kısa etkili bir panzehir üretirler. Plazmidi tutan yavru hücreler sağ kalırlar, plazmidin bir kopyasını almamış bir yavru hücre ise ya ölür ya da ana hücreden kalan zehirin etkisiyle yavaş büyür. Bu plazmidlerin "bencil DNA" yönlerinin bir örneğidir.

Uygulamaları

Plazmidler biyokimya ve moleküler biyolojide kullanılan önemli araçlardır. Genlerin çoğaltılması (pek şok kopyasının elde edilmesi) veya ifadesi için kullanılan ticari kaynaklı pek çok plazmid mevcuttur.

Çoğaltılacak olan genin kopyası, hücreleri belli bir antibiyotiğe dayanıklı yapan genler içeren bir plazmide eklenir. Sonra plazmid, transformasyon olarak adlandırılan bir yöntemle bakterilerin içine sokulur. Ardından bakteriler o antibiyotiğe maruz bırakılırlar. Plazmid onları dirençli kıldığı için yalnızca plazmidi içine almış bakteriler antibiyotikli ortamda sağ kalırlar. Bu bakteriler çok sayıda büyütülürler, sonra toplanıp eritilerek (lizis) içlerindeki plazmid izole edilir.

Plazmidlerin bir diğer kullanımı çok miktarda protein üretimidir. Bu durumda arzu edilen geni taşıyan plazmidi içeren bakteriler büyütülür. Bakteriler antibiyotik direnci sağlayan proteinlerini üretmeye başlattıkları sırada eklenmiş genden bol miktarda protein üretmesini sağlayacak şekilde uyarılabilir. Bu şekilde bir gen veya onun kodladığı bir protein (örneğin insülin), hatta antibiyotikler ucuz ve kolay bir şekilde üretilebilir.

Plazmid DNA eldesi

Plazmidler çoğu zaman belli DNA dizinlerinin saflaştırılması için kullanılırlar, çünkü genomun geri kalanından kolayca ayrıştırılabilir. Vektör olarak kullanımları ve moleküler klonlama için plazmidlerin izole edilmesi gerekir.

Bakterilerden plazmid DNA`sı elde etmenin birkaç yöntemi vardır. Bunlar miniprep ve maksiprep olarak adlandırılırlar. Birincisi genelde plazmidin arzu edilen özelliğe sahip olduğunu kontrol etmek için kullanılır. Elde edilen DNA çok saf olmamakla beraber restriksiyon sindirimi ve bazı basit klonlama tekniklerine yetecek kalitededir.

Maksiprep tekniğinde büyük hacimli hücre süspansiyonu kullanılır. Yapılan işlem esas olarak büyük ölçekli bir miniprep tekniğidir, üzerine ek saflaştırma adımları gelir.Sonuçta nispeten bol miktarda (birkaç mg) çok saf plazmid DNA`dır.

Yakın yıllarda farklı ölçeklerde , saflık derecelerinde ve otomasyon seviyelerinde plazmid saflaştırması yapmayaı sağlayan çeşitli ticari kitler yaratılmıştır.

Biçimler

Plazmid DNA beş farklı biçimde (konformasyonda) olabilir, bunlar elektroforezle farklı hızlarda ayrışırlar. Bu konformasyonlar elektroforez hız sırasına göre, en yavaştan en hızlıya aşağıda listelenmiştir:
  • Çentikli açık dairesel DNA`nın bir zinciri kesiktir
  • Doğrusal DNA`nın iki ucu da açıktır, ya hücre içinde de böyle olduğu için veya dairesel plazmidin iki zinciri de kesilmiş olduğu için. Bu, bir bir ucu öbür ucuna takılı olmayan bir elektrik uzatma kablosuna benzetilebilir.
  • Gevşek dairesel DNA`nın iki zinciri sağlamdır ama enzimler tarafından gevşetilmiş, yani aşırı sargısı giderilmiştir. Bir ucu öbürüne takılı elektrik uzatma kablosuna benzetilebilir.
  • Aşırı sargılı denşirik (İngilizce ``supercoiled denatured``) DNA, iki sarmalı da kesilmemiş ama bazı kısımları eşlenmemiş olduğu için biraz daha az sıkıdır. İçindeki iki telinin yer yer ayrık olduğu bir uzatma kablosunun kendi etrafında sarıldıktan sonra bir ucunun öbürüne takılmış haline benzetilebilir.
  • Aşırı sargılı DNA (veya kovalent kapalı dairesel DNA) her iki zinciri de kesik olmayan, ve kendi etrafında sarılı olmak sonucunda sıkı bir yapıya sahip olan DNA`dır. İyi durumda bir elektrik kablosunu kendi etrafında sardıktan sonra bir ucunu öbürüne takılmış haline benzetilebilir.


Linkler



Kaynakça

  • {{kaynak wiki
|dil=İngilizce |madde=Plasmid |tarih=15.11.2006 |url=http://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Plasmid&oldid=87978060 }}

Kaynaklar

Vikipedi

Bu konuda henüz görüş yok.
Görüş/mesaj gerekli.
Markdown kullanılabilir.

Plazmid Resimleri

Bakteriyel konjugasyon
3 yıl önce

ikileşmesine benzer şekilde gelişir. Eğer F-plazmid konak genome entegre olursa vericinin kromozom DNA'sı plazmid DNA'sı ile beraber aktarılabilir. Kromozomla...

Bakteriyel konjugasyon, Cinsel birleşme, E. coli, Enzim, Eşey hücresi, Gen, Kromozom, Pilus, Plazmid, Zigot, Üreme
Nopalin
3 yıl önce

plazmidler ürettikleri farklı çeşitlerdeki opinler temel alınarak sınıflandırılırlar. Plazmid nopalin plazmid, oktopin plazmid veya agropin plazmid olabilir...

Ti plazmit
6 yıl önce

dairesel bir plazmittir. Plazmit, 195 protein kodlayan 196 gene sahiptir. Ti plazmid yapısal RNA bulundurmaz ve 206,479 nükleotid uzunluktadır. GC içeriği %56'dır...

Ti plazmit, Agrobacterium tumefaciens, Azot, Bakteri, Bitki, DNA, Enzim, Gen, Genetik, Genom, Hormon
Gen aktarımı
3 yıl önce

bilinmektedir. Bu nedenle plazmid, faj ve kozmidler için konak görevini yapabilirler. DNA'nın konak hücreye sokulmasında taşıyıcı olarak plazmid DNA kullanıldıysa...

Gen aktarımı, Canlı, DNA, Gen tedavisi, Genetik
Bioshock
3 yıl önce

bir plazmid keşfedilir. Canlılardan çıkarılan bu madde insan DNA'sı ile uçbirleştirilince, "Adem" kullanıcıları süper güçler elde ederler. Plazmidler, Rapture...

Bioshock, 14 Eylül, 1950, 1960, 2007, 21 Ağustos, 24 Ağustos, ATI, Asya, Avrupa, Avustralya
Yapay seçilim
7 yıl önce

tekniği sayesinde genler, transfeksiyon adı verilen bir yöntemle, genellikle plazmid denilen küçük daire biçimindeki DNA moleküleri üzerinde yer alan ve bakterilerden...

Yersinia pestis
6 yıl önce

enterocolitica gibi Y.pestis de pCD1 plazmidine sahiptir. Y. pestis'de buna ilave olarak pPCP1 ve pMT1 plazmidleri de vardır. Bu plazmidler bir araya geldiklerinde...

Yersinia pestis, 1894, 1967, ABD, Antibiyotik, Antijen, Antikor, Aşı, Bakteri, Bakteriyolog, Bilimsel sınıflandırma
Pilus
3 yıl önce

arasında bir köprü oluştururlar. Bu sayede plazmidler bir hücreden öbürüne aktarılabilir. Edinilen bir plazmid bakteriye antibiyotik dayanıklılığı gibi...

Pilus, Aktin, Alyuvar, Antijen, Bakteriyel konjugasyon, Bakteriyofaj, DNA, Gram-negatif, Latince, Mantar, Maya